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Página WIKI de José Cláudio Faria
Tinn-R
Tinn-R GUI/Editor para o ambiente R sob Windows.
- O Tinn-R é um programa de código aberto (sob GPL) desenvolvido em Object Pascal com a IDE Delphi_7 da Borland;
- Facilita o uso do interpretador R e aumenta a produtividade das análises e documentações;
- Suporte ao Sweave;
- Permite interagir com o R em modo gráfico, o que aumenta a produtividade e facilita o uso, ao mesmo tempo em que estimula o aprendizado da linguagem R;
- Imagens:
Materiais sobre o R
Scripts
Todos os usuários estão automaticamente convidados a darem sugestões e alterarem contrutivamente todas as funções e scripts desta página. Solicito a gentileza de me enviar um email comunicando as alterações.
Introdução ao R
Abrir no Tinn-R e executar linha por linha buscando entender cada passo:
#=============================================================================== # Título: Introdução ao R - IR # Curso : Métodos estatísticos aplicados à produção vegetal # Autor : José Cláudio Faria/UESC/DCET # Data : 15/12/06 18:39:16 # Versão: v7 - com comentários - cc # Objetivos: #=============================================================================== # a) Apresentar os recursos gráficos básicos do R # b) Documentação e ajuda # c) Funções elementares # d) Estruturas de dados # e) Operadores # f) Estruturas de controle de fluxo # g) Funções #=============================================================================== #=============================================================================== # Exemplos #=============================================================================== demo() demo(package = .packages(all.available = TRUE)) demo(graphics) # Recursos gráficos genéricos # Para teclar <Enter> to see next plot: # é necessário que a tela esteja ativa demo(image) # Recursos gráficos 2D demo(persp) # Recursos gráficos 3D library(lattice) demo(lattice) # Recursos gráficos demo(glm.vr) # Método lineares generalizados demo(lm.glm) # Lineares e lineares generalizados #=============================================================================== # Documentação e ajuda #=============================================================================== ?round ?'for' # ou ?”for“ ?'[[' # ou ?”[[“ apropos('stem') help.search('stem') help.start() # ou menu 'Help/Html help vignette() # documentos em pdf (dependente dos pacotes instalados) vignette('grid') # abre pdf relacionado ao pacote grid #=============================================================================== # Algumas funções elementares #=============================================================================== set.seed(25) x = round(runif(n = 20, min = 0, max = 10), digits = 2) x sort(x) min(x) max(x) median(x) # mediana mean(x) # média var(x) # variância sd(x) # desvio padrão (standard deviation) sqrt(var(x)) sum(x) # somatório length(x) # número de elementos round(x, digits = 1) round(x) fivenum(x) # Returns Tukey's five number summary (minimum, lower-hinge, median, upper-hinge, maximum) quantile(x) # quantis quantile(x, c(0, .33, .66, 1)) cummax(x) cummin(x) plot(x, sin(x/20)) cor(x, sin(x/20)) # Imprimir no console uma mensagem ou o valor de uma variável: print('Teste:') x = 10 print(x) # Concatenação: cat('\nValor de x =', x); cat('\n') cat('\n\tValor de x =', x); cat('\n') #=============================================================================== # Estruturas de dados: MUITO IMPORTANTE!!! #=============================================================================== #=============== # Vetores #=============== # Algumas das diversas maneiras de defini-los: c(1, 2, 3, 4, 5) 1:6 seq(1, 10, by = 1) seq(1, 2, length = 10) letters[1:5] LETTERS[1:5] # Algumas maneiras de recuperá-los: x = seq(1, 10, by = 1) x x[5:10] x[c(5, 7:10)] x[-(5:10)] x > 5 x[x > 5] x[x < 6] # Dar nomes aos componentes de um vetor: names(x) names(x) = letters[1:length(x)] x x['b'] c(a = 1, b = 5, c = 10) # Algumas operações básicas: set.seed(3) x = round(runif(5, 0, 10), d = 1) x x/2 x*2 x+10 sort(x) rev(sort(x)) set.seed(16) x = sample(1:5, 10, replace = T) x sort(x) unique(x) x = c(1, 3, 2, 8, 5) x o = order(x) o x x[o[1:3]] #=============== # Matrizes #=============== m = matrix(c(1, 2, 3, 4), nrow = 2) m m[1,2] # O produto matricial: x = matrix(c(6, 7), nrow = 2) x m %*% x # O determinante de uma matriz: det(m) # A transposta de uma matriz: t(m) # Uma matriz diagonal: diag(c(1,2)) # A identidade da matriz: diag(1, 2) diag(rep(1, 2)) diag(2) # Comandos cbind e o rbind para criar matrizes: cbind(c(1, 2), c(3, 4)) rbind(c(1, 3), c(2, 4)) # O traço de uma matriz: sum(diag(m)) # A inversa de uma matriz : solve(m) solve(m, x) solve(m) %*% x # Autovalores: eigen(m)$values # Autovetores: eigen(m)$vectors # Certificar se a matriz é realmente diagonalisável: p = eigen(m)$vectors d = diag(eigen(m)$values) p %*% d %*% solve(p) #=============== # Arrays #=============== ar = array(letters[1:24], c(2,4,3)) ar ar[1,1,1] # ar[linha, coluna, dimensão] -> ar(x, y, z) ar[1,1,2] ar[1,2,3] class(iris3) iris3 #=============== # Fatores #=============== set.seed(218) x = factor(sample(c('a', 'b', 'c'), 5, replace = T)) x l = c('d', 'e', 'f') l set.seed(17) x = factor(sample(l, 5, replace = T), levels = l) x levels(x) # Pode-se preferir uma tabela: table(x) # Se os valores estão de acordo com alguma razão, pode-se gerar níveis: gl(1, 4) gl(2, 4) gl(2, 4, labels = c(T, F)) gl(2, 1, 8) gl(2, 1, 8, labels = c(T, F)) # Pode fazer o produto cartesiano de dois fatores: x = gl(2, 4) x y = gl(2, 1, length = 8) y interaction(x, y) # O comando expand.grid é comparável (ele produz um frame), sendo muito útil para # geração de níveis de fatores para as matrizes provenientes de dados # experimentais: a = c('a1', 'a2', 'a3') b = c('b1', 'b2') c = c('c1', 'c2') dad = expand.grid(a, b, c) names(dad) = c('A', 'B', 'C') dad #=============== # Frames #=============== n = 10 set.seed(17) dF = data.frame(x = rnorm(n), y = sample(c(T, F), n, replace = T)) dF # O comando str informa (retorna) a estrutura de um objeto e a parte dos dados # que contém: str(dF) # Quando os objetos são armazenados, com sua própria ordem, o comando “unclass” # da ordem pode alterá-lo: n = 10 set.seed(3) x = runif(n) x set.seed(19) y = 1 - 2 * x + rnorm(n) y r = lm(y ~ x) r str(r) r$coefficients r$residuals summary(r) # A informação summary sumariza um objeto (aqui, um frame, mas vai bem com # quase todos objetos): summary(dF) dF # Pode-se ter acesso aos dados das colunas de diversas maneiras: dF$x dF[,1] dF[['x']] dim(dF) names(dF) row.names(dF) # Ou pode-se mudar o nome das linhas ou das colunas: names(dF) = c('a', 'b') row.names(dF) = LETTERS[1:10] names(dF) row.names(dF) str(dF) # Pode-se ter acesso direto as colunas de um frame usando o comando attach(). # Obs: Não deve esquecer-se de destacá-lo detach() quando terminar: data(faithful) str(faithful) attach(faithful) str(eruptions) detach() #=============== # Listas #=============== h = list() h[['foo']] = 1 h[['bar']] = c('a', 'b', 'c') str(h) # Por exemplo, os parâmetros gráficos são armazenados em uma lista usada # como contagens de chopping: str(par()) h[['bar']] = NULL str(h) #=============== # Outros #=============== # O comando split torna possível separar os dados de acordo com o valor # de um fator: n = 10 nn = 100 set.seed(21) g = factor(round(n * runif(n * nn))) x = rnorm(n * nn) + sqrt(as.numeric(g)) xg = split(x, g) boxplot(xg, col = 'lavender', notch = TRUE, varwidth = TRUE) str(xg) # O comando apply torna possível aplicar uma função (para o exemplo, a média, # quais, etc..) a cada coluna (ou linha) de um frame (ou de uma matriz): options(digits = 4) set.seed(5) dF = data.frame(x = rnorm(20), y = rnorm(20), z = rnorm(20)) dF apply(dF, 2, mean) apply(dF, 2, range) # Em dimensões mais elevadas: options(digits=2) set.seed(2) m = array(rnorm(10^3), dim = c(10, 10, 10)) a = apply(m, 1, mean) a b = apply(m, c(1, 2), mean) b apply(b, 1, mean) # A função tapply permite reagrupar as observações de acordo com o valor dos # fatores e uma função (média, soma, etc..) para cada grupo obtido assim: tapply(1:20, gl(2, 10, 20), sum) by(1:20, gl(2, 10, 20), sum) # A função sapply aplica a cada elemento de uma lista (ou de um vetor, etc..) e # se possível retorna um vetor. A função lapply faz a mesma coisa, mas retorna # uma lista: x = list(a = rnorm(10), b = runif(100), c = rgamma(50, 1)) lapply(x, sd) sapply(x, sd) #=============================================================================== # Operadores #=============================================================================== -5:7 set.seed(3) x = floor(10*runif(10)) x x[3] x[1:3] x[c(1, 2, 5)] # O operador $ é reservado para recuperar um elemento de uma lista ou frame: op = par() op$col op[['col']] a = 'col' op[[a]] # A atribuição é feita por <- ou =. x <- 1.17 x y = c(1, 2, 3, 4) y # O produto de matrizes (% * %): A = matrix(c(1, 2, 3, 4), nr = 2, nc = 2) J = matrix(c(1, 0, 2, 1), nr = 2, nc = 2) A J J %x% A # O operador %o% é usado manufaturar tabelas da multiplicação # (chama a função exterior com a multiplicação): A = 1:5 B = 11:15 names(A) = A names(B) = B A %o% B # A divisão euclidiana é %/%, seu restante é %% 1234 %% 3 1234 %/% 3 411*3 + 1 # A sociedade de uma 'unidade' é feita por %in% 17 %in% 1:100 17.1 %in% 1:100 # O operador ~ é usado descrever modelos (ANOVAS, métodos lineares, etc). # Falaremos sobre ele mais tarde. # Para mais detalhes (sobre os operadores negligenciados nestas notas) # consulte o manual: ?'+' ?'<' ?'<-' ?'!' ?'[' ?Syntax ?kronecker ?match library(methods) ?slot # Pode-se definir seus próprios operadores, pois são função diretas com dois # argumentos cujo nome começa e as extremidades em %. O seguinte exemplo são # tração do manual. '%w/o%' = function(x, y) x[!x %in% y] (1:10) %w/o% c(3,7,12) #=============================================================================== # Estruturas de controle #=============================================================================== set.seed(15) x = rnorm(10) x y = ifelse(x > 0, 1, -1) y z = ifelse(x > 0, 1, ifelse(x < 0, '< zero', 0)) z #=============== # Conexão: #=============== set.seed(59) x = letters[floor(1 + runif(1, 0, 4))] x y = switch(x, a='Bonjour', b='Gutten Tag', c='Hello', d='Konnichi wa') y #=============== # Loop for: #=============== a = 0 for (i in 1:20) { a = i if(a <= 5 ) { cat('a = ', a, '(<= 5)'); cat('\n') next } if(a == 18) { cat('a = ', a, '(= 18)'); cat('\n') break } } #=============== # Loop while: #=============== a = 0 while (a < 11) { if (a >= 3) print(a) else cat('não\n') a = a + 1 # expressão avaliada.. } #=============== # Loop repeat: #=============== a = 0 repeat { a = a + 1 if (a >= 3) print(a) else cat('não\n') if (a == 10) break } #=============================================================================== # Funções #=============================================================================== f = function(x) x/10 + 1 f(x = 10) f(10) # Chamada alternativa f = function(x) { x/10 + 1 } f(x = 10) f(10) # Chamada alternativa # Pode atribuir valores aos argumentos: f = function(x, y = 3) { x/10 + 1 - y } f(10) # Na chamada da função, pode-se usar o nome dos argumentos, passar novos valores # para as variáveis, não sendo necessário que os mesmos sigam a ordem declarada # na função (desde que os valores sejam acompanhados dos respectivos nomes): f(y = 1, x = 10) f = function(x, y) { x/10 + 1 - y } f(1, 10) f(10, 1) # No fim dos argumentos, pode haver três pontos, representando todos os # argumentos não especificados: f = function(x, ...) { plot(x, ...) }
Funções úteis
Tabelas e histogramas
Função tb.table
Função simples, flexível mas poderosa para descrever, via tabela de distribuição de freqüências e histogramas, vetores e data.frames.
#=============================================================================== # Name : tb.table # Original author: José Cláudio Faria, Gabor Gothendievisk and Enio Jelihovschi # Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02 # Version : v24 # Aim : To make tables of frequency distribution and associated # histogram #=============================================================================== # Arguments: # breaks : Method to determine number of classes= c('Sturges', 'Scott', 'FD') # by : Variable to group # end : Last class (high value) # h : Classes extent # k : Class number # right : Intervals right open (default = FALSE) # start : First class (small value) # x : A R object (vector or data.frame) # histogram : Plot histogram (default = TRUE) # title.histogram: Title of histogram c('auto', 'none') #=============================================================================== # Common functions tb.make.table.I <- function(x, start, end, h, right, histogram, titleH) { f <- table(cut(x, br=seq(start, end, h), right=right)) # Absolut freq fr <- f/length(x) # Relative freq frP <- 100*(f/length(x)) # Relative freq, % fac <- cumsum(f) # Cumulative freq facP <- 100*(cumsum(f/length(x))) # Cumulative freq, % fi <- round(f, 2) fr <- round(as.numeric(fr), 2) frP <- round(as.numeric(frP), 2) fac <- round(as.numeric(fac), 2) facP <- round(as.numeric(facP),2) res <- data.frame(fi, fr, frP, fac, facP) # Make final table names(res) <- c('Class limits', 'fi', 'fr', 'fr(%)', 'fac', 'fac(%)') # Making the histogram: With Benilton suggestions if (histogram) { hist(x, breaks = seq(start, end, h), freq = T, right = right, xlab = 'Class limits', ylab='Frequency', col = 'LightYellow', main = titleH, xlim = c(start, end), ylim=c(0, max(fi)), las = 1, xaxt = 'n') axis(1, at=round(seq(start, end, h), 2)) } return(res) } tb.make.table.II <- function (x, k, breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'), right=FALSE, histogram, titleH) { x <- na.omit(x) # User defines only x and/or 'breaks' # (x, {k,}[breaks, right]) if (missing(k)) { brk <- match.arg(breaks) switch(brk, Sturges = k <- nclass.Sturges(x), Scott = k <- nclass.scott(x), FD = k <- nclass.FD(x)) tmp <- range(x) start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100 end <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100 R <- end-start h <- R/k } # User defines 'x' and 'k' # (x, k,[breaks, right]) else { tmp <- range(x) start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100 end <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100 R <- end-start h <- R/abs(k) } tbl <- tb.make.table.I(x, start, end, h, right, histogram, titleH) return(tbl) } # With Gabor Grotendieck suggestions (thanks Gabor, very much!) tb.table <- function(x, ...) UseMethod("tb.table") # Table form vectors tb.table.default <- function(x, k, start, end, h, breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'), right=FALSE, histogram=TRUE, title.histogram=c('auto', 'none')) { # User defines nothing or not 'x' isn't numeric -> stop stopifnot(is.numeric(x)) x <- na.omit(x) # User defines only 'x' # (x, {k, start, end, h}, [breaks, right]) if (missing(k) && missing(start) && missing(end) && missing(h) ) { brk <- match.arg(breaks) switch(brk, Sturges = k <- nclass.Sturges(x), Scott = k <- nclass.scott(x), FD = k <- nclass.FD(x)) tmp <- range(x) start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100 end <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100 R <- end-start h <- R/k } # User defines 'x' and 'k' # (x, k, {start, end, h}, [breaks, right]) else if (missing(start) && missing(end) && missing(h)) { stopifnot(length(k) >= 1) tmp <- range(x) start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100 end <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100 R <- end-start h <- R/abs(k) } # User defines 'x', 'start' and 'end' # (x, {k,} start, end, {h,} [breaks, right]) else if (missing(k) && missing(h)) { stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >=1) tmp <- range(x) R <- end-start k <- sqrt(abs(R)) if (k < 5) k <- 5 # min value of k h <- R/k } # User defines 'x', 'start', 'end' and 'h' # (x, {k,} start, end, h, [breaks, right]) else if (missing(k)) { stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >= 1, length(h) >= 1) } else stop('Please, see the function sintax!') if (histogram) { x11() par(mfrow=c(1, 1)) title.histogram <- match.arg(title.histogram) switch(title.histogram, auto = titleH <- 'x', none = titleH <- '') } tbl <- tb.make.table.I(x, start, end, h, right, histogram, titleH) return(tbl) } # Table form data.frames tb.table.data.frame <- function(df, k, by, breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'), right=FALSE, histogram=TRUE, title.histogram=c('auto', 'none')) { stopifnot(is.data.frame(df)) tmpList <- list() nameF <- character() nameY <- character() # User didn't defines a factor if (missing(by)) { logCol <- sapply(df, is.numeric) nHist <- length(logCol[logCol]) if (histogram) { count = 0 if (nHist > 1) { x11() par(mfrow=c(4, 1)) } } for (i in 1:ncol(df)) { if (logCol[i]) { count <- (count + 1) if (count == 5) { x11() par(mfrow=c(4, 1)) count <- 1 } title.histogram <- match.arg(title.histogram) switch(title.histogram, auto = titleH <- names(logCol[i]), none = titleH <- '') x <- as.matrix(df[ ,i]) tbl <- tb.make.table.II(x, k, breaks, right, histogram, titleH) tmpList <- c(tmpList, list(tbl)) } } valCol <- logCol[logCol] names(tmpList) <- names(valCol) return(tmpList) } # User defines one factor else { namesdf <- names(df) pos <- which(namesdf == by) stopifnot(is.factor((df[[pos]]))) nF <- table(df[[pos]]) logCol <- sapply(df, is.numeric) nHist <- length(logCol[logCol]) nDisGraph <- round((length(nF) * nHist) / 12) # 12 is the maximum easily visible if (histogram) { count <- 0 x11() par(mfrow=c(4, 3)) } for(i in 1:length(nF)) { tmpdf <- subset(df, df[[pos]] == names(nF[i])) logCol <- sapply(tmpdf, is.numeric) for (j in 1:ncol(tmpdf)) { if (logCol[j]) { count <- (count + 1) if (count == 13) { x11() par(mfrow=c(4, 3)) count <- 1 } nameF <- names(nF[i]) nameY <- names(logCol[j]) nameFY <- paste(nameF,'.', nameY, sep="") title.histogram <- match.arg(title.histogram) switch(title.histogram, auto = titleH <- nameFY, none = titleH <- '') x <- as.matrix(tmpdf[ ,j]) tbl <- tb.make.table.II(x, k, breaks, right, histogram, titleH) newFY <- list(tbl) names(newFY) <- sub(' +$', '', nameFY) tmpList <- c(tmpList, newFY) } } } } return(tmpList) }
Testar função tb.table
O script abaixo possibilita testar e aprender a usar a função tb.table.
#=============================================================================== # Name : tb.table_test # Original author: Jose Cláudio Faria # Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02 # Version : v24 # Aim : To learn how to use the function tb.table #=============================================================================== # Observation : Test it line by line #=============================================================================== # 1.Tables # 1.1. Tables from vectors #=============================================================================== ## To debug # mtrace.off() # mtrace(tb.make.table.I) # mtrace(tb.make.table.II) # mtrace(tb.table.default) # mtrace(tb.table.data.frame) # Make a vector set.seed(1) x=rnorm(150, 5, 1) tb.table(x, his=F) tb.table(x) tb.table(x, title.his='none') tb.table(x, k=10, his=T) #Title tb.table(x, title.his='teste') #error! tb.table(x, title.his='none') tb.table(x, title.his='auto') # Equal to above tb.table(x, breaks='Sturges') # Equal to above tb.table(x, breaks='St') tb.table(x, breaks='Scott') # Equal to above tb.table(x, b='Sc') tb.table(x, breaks='FD') # Equal to above tb.table(x, breaks='F') tb.table(x, breaks='F', right=T) # Will make a error! tb.table(x, breaks='S') #('S'turges) and ('S'cott) tb.table(x, k=4) tb.table(x, k=20) # Partial tb.table(x, start=4, end=6) # Will make error! tb.table(x, start=4, end=6, his=F) # Equal to above tb.table(x, s=4, e=6, his=F) # Partial tb.table(x, start=4.5, end=5.5, his=F) # Partial tb.table(x, start=5, end=6, h=.5, his=F) # Nonsense tb.table(x, start=0, end=10, h=.5) # First and last class forced (fi=0) tb.table(x, start=1, end=9, h=1) tb.table(x, start=1, end=10, h=2) #=============================================================================== # 1.2. Tables from data.frames #=============================================================================== # Make a data.frame mdf=data.frame(X1 =rep(LETTERS[1:4], 25), X2 =as.factor(rep(1:10, 10)), Y1 =c(NA, NA, rnorm(96, 10, 1), NA, NA), Y2 =rnorm(100, 60, 4), Y3 =rnorm(100, 50, 4), Y4 =rnorm(100, 40, 4)) tb.table(mdf) tb.table(mdf, title.his='none') # Equal to above tb.table(mdf, breaks='Sturges') # Equal to above tb.table(mdf, breaks='St') tb.table(mdf, breaks='Scott') tb.table(mdf, breaks='FD') tb.table(mdf, k=4) tb.table(mdf, k=10) levels(mdf$X1) tbl = tb.table(mdf, k=5, by='X1') length(tbl) names(tbl) tbl tb.table(mdf, breaks='FD', by='X1') # A 'big' result: X2 is a factor with 10 levels! tb.table(mdf, breaks='FD', by='X2') tb.table(mdf, breaks='FD', k=5, by='X2') tb.table(iris, k=5) tb.table(iris, k=10) levels(iris$Species) tbl=tb.table(iris, k=5, by='Species') length(tbl) names(tbl) tbl tb.table(iris, k=5, by='Species', right=T) tb.table(iris, breaks='FD', by='Species') library(MASS) levels(Cars93$Origin) tbl=tb.table(Cars93, k=5, by='Origin') names(tbl) tbl tb.table(Cars93, breaks='FD', by='Origin')