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--- pessoais:jcfaria [2007/03/01 11:47]
jcfaria
+++ pessoais:jcfaria [2012/08/01 19:25] (atual)
jcfaria
@@ Linha 1: / Linha 1: @@
-====== Página WIKI de José Cláudio Faria ======
+====== José Cláudio Faria ======
-{{pessoais:i_in_the_beach_2007.png|125X210}}
+{{  pessoais:i_in_the_beach_2007.png}}
-Na Praia do Sul de Ilhéus/Bahia (janeiro de 2007) refletindo profundamente sobre o R!!!
+Eu na Praia do Sul de Ilhéus/BA, em janeiro de 2007, refletindo profundamente sobre estatística computacional e o R!!!
+Brincadeiras a parte...
+**1. Quem sou**
+- Engenheiro Agrônomo
+- Mestrado e Doutorado em Produção Vegetal pela Universidade Federal de Viçosa - UFV/MG
+- Pós-doc em estatística e experimentação agronômica (ESALQ)
+**2. O que tenho feito profissionalmente**
+- Professor de estatística e pesquisador da Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC/BA;
+- Tenho estado desenvolvendo algumas soluções computacionais voltadas para o ambiente R:
+  - Editores:
+    - Tinn-R ([[http://sourceforge.net/projects/tinn-r/]])
+    - Vim-R-plugin ([[http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=2628]])
+  - Pacotes:
+    - bpca ([[http://cran.r-project.org/web/packages/bpca/index.html]])
+    - TinnR ([[http://cran.r-project.org/web/packages/TinnR/index.html]])
+    - fdth ([[http://cran.r-project.org/web/packages/fdth/index.html]])
+    - ScottKnott ([[http://cran.r-project.org/web/packages/ScottKnott/index.html]])
+    - TukeyC ([[http://cran.r-project.org/web/packages/TukeyC/index.html]])
+**3. Sobre o R**
+- Gostaria de tê-lo encontrado desde o início de minha carreira na área de estatística computacional!
+**4. Sobre o futuro**
+- Desejo aprofundar os conhecimentos em análise multivariada de dados no ambiente R;
+- Trocar experiências com pessoas e equipes envolvidas nestas áreas.
 ===== Tinn-R =====
@@ Linha 563: / Linha 599: @@
 ==== Funções úteis ====
-=== Tabelas e histogramas ===
+=== Superfície de resposta ===
-== Função tb.table ==
+== Função plotlm3d ==
+The simple, power and very flexible function **plotlm3d** enables you to plot 3d points and/or surfaces obtained from linear methods. It was adapted from scatter3d [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/index.html | Rcmdr package]] of John Fox and some [[ http://www.stat.wisc.edu/~deepayan | Deepayan Sarkar]] ideas.
-Função simples, flexível mas poderosa para descrever, via tabela de distribuição de freqüências e histogramas, vetores e data.frames.
+It requires the **rgl** package that you can download from [[http://cran.r-project.org|CRAN]].
 <code>
 #===============================================================================
-# Name           : tb.table
+# Name           : plotlm3d
-# Original author: José Cláudio Faria, Gabor Gothendievisk and Enio Jelihovschi
+# Original author: John Fox (scatter3d from package Rcmdr)
-# Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02
+# Changes        : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch
-# Version        : v24
+# Date (dd/mm/yy): 12/8/06 19:44:37
-# Aim            : To make tables of frequency distribution and associated
+# Version        : v18
-#                  histogram
+# Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package
 #===============================================================================
 # Arguments:
-# breaks         : Method to determine number of classes= c('Sturges', 'Scott', 'FD')
+# x                 variable for horizontal axis.
-# by             : Variable to group
+# y                 variable for out-of-screen axis.
-# end            : Last class (high value)
+# z                 variable for vertical axis (response).
-# h              : Classes extent
+# surface           plot surface(s) (TRUE or FALSE).
-# k              : Class number
+# model             one or more linear model to fit ('z ~ x + y' is the default).
-# right          : Intervals right open (default = FALSE)
+# groups            if NULL (the default), no groups are defined; if a factor,
-# start          : First class (small value)
+#                   a different surface or set of surfaces is plotted for each
-# x              : A R object (vector or data.frame)
+#                   level of the factor; in this event, the colours in plane.col
-# histogram      : Plot histogram (default = TRUE)
+#                   are used successively for the points and surfaces.
-# title.histogram: Title of histogram c('auto', 'none')
+# model.by.group    if TRUE the function will adjust one model for each level
-#===============================================================================
+#                   of groups; the order of the models must be the same of the
+#                   level of the.
-# Common functions
+# model.summary     print summary or summaries of the model(s) fit (TRUE or FALSE).
-tb.make.table.I <- function(x,
+# simple.axes       whether to draw sinple axes (TRUE or FALSE).
-                            start,
+# box               whether to draw a box (TRUE or FALSE).
-                            end,
+# xlab,
-                            h,
+# ylab,
-                            right,
+# zlab              axis labels.
-                            histogram,
+# surface.col       vector of colours for regression planes, used in the order
-                            titleH)
+#                   specified by fit.
+# point.col         colour of points.
+# grid.col          colour of grid lines on the regression surface(s).
+# grid 	            plot grid lines on the regression surface(s) (TRUE or FALSE).
+# grid.lines        number of lines (default, 26) forming the grid, in each of
+#                   the x and z directions.
+# sphere.factor     relative size factor of spheres representing points; the
+#                   default size is dependent on the scale of observations.
+# threshold         if the actual size of the spheres is less than the threshold,
+#                   points are plotted instead.
+# speed             revolutions of the plot per second.
+# revolutions       number of full revolutions of the display.
+plotlm3d <- function (x, y, z,
+                      surface        = T,
+                      model          = 'z ~ x + y',
+                      groups         = NULL,
+                      model.by.group = F,
+                      model.summary  = F,
+                      simple.axes    = T,
+                      box            = F,
+                      xlab           = deparse(substitute(x)),
+                      ylab           = deparse(substitute(y)),
+                      zlab           = deparse(substitute(z)),
+                      surface.col    = c('blue', 'orange', 'red', 'green',
+                                         'magenta', 'cyan', 'yellow', 'gray', 'brown'),
+                      point.col      = 'yellow',
+                      grid.col       = material3d("color"),
+                      grid           = T,
+                      grid.lines     = 26,
+                      sphere.factor  = 1,
+                      threshold      = 0.01,
+                      speed          = 0.5,
+                      revolutions    = 0)
 {
-  f    <- table(cut(x, br=seq(start, end, h), right=right)) # Absolut freq
+  require(rgl)
-  fr   <- f/length(x)                                       # Relative freq
+  require(mgcv)
-  frP  <- 100*(f/length(x))                                 # Relative freq, %
+  summaries <- list()
-  fac  <- cumsum(f)                                         # Cumulative freq
-  facP <- 100*(cumsum(f/length(x)))                         # Cumulative freq, %
+  if ((!is.null(groups)) && model.by.group)
-  fi   <- round(f, 2)
+    if (!nlevels(groups) == length(model))
-  fr   <- round(as.numeric(fr), 2)
+      stop('Model number is different of the number of groups')
-  frP  <- round(as.numeric(frP), 2)
-  fac  <- round(as.numeric(fac), 2)
+  if ((!is.null(groups)) && (nlevels(groups) > length(surface.col)))
-  facP <- round(as.numeric(facP),2)
+    stop('Number of groups exceeds number of colors')
-  res  <- data.frame(fi, fr, frP, fac, facP)                # Make final table
-  names(res) <- c('Class limits', 'fi', 'fr', 'fr(%)', 'fac', 'fac(%)')
+  if ((!is.null(groups)) && (!is.factor(groups)))
+    stop('groups variable must be a factor.')
+  xlab; ylab; zlab
-  # Making the histogram: With Benilton suggestions
+  valid <- if (is.null(groups))
-  if (histogram) {
+    complete.cases(x, y, z)
-    hist(x,
+  else
-         breaks = seq(start, end, h),
+    complete.cases(x, y, z, groups)
-         freq   = T,
-         right  = right,
+  x <- x[valid]
-         xlab   = 'Class limits', ylab='Frequency',
+  y <- y[valid]
-         col    = 'LightYellow',
+  z <- z[valid]
-         main   = titleH,
-         xlim   = c(start, end), ylim=c(0, max(fi)),
+  if (!is.null(groups))
-         las    = 1,
+    groups <- groups[valid]
-         xaxt   = 'n')
-    axis(1, at=round(seq(start, end, h), 2))
+  levs <- levels(groups)
+  size <- max(c(x,y,z))/100 * sphere.factor
+  if (is.null(groups)) {
+    if (size > threshold)
+      spheres3d(x, y, z, color = point.col, radius = size)
+    else
+      points3d(x, y, z, color = point.col)
   }
-  return(res)
-}
-tb.make.table.II <- function (x,
-                              k,
-                              breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'),
-                              right=FALSE,
-                              histogram,
-                              titleH)
-{
-  x <- na.omit(x)
-  # User defines only x and/or 'breaks'
-  # (x, {k,}[breaks, right])
-  if (missing(k)) {
-    brk   <- match.arg(breaks)
-    switch(brk,
-           Sturges = k <- nclass.Sturges(x),
-           Scott   = k <- nclass.scott(x),
-           FD      = k <- nclass.FD(x))
-    tmp   <- range(x)
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
-    R     <- end-start
-    h     <- R/k
-  }
-  # User defines 'x' and 'k'
-  # (x, k,[breaks, right])
   else {
-    tmp   <- range(x)
+    if (size > threshold)
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
+      spheres3d(x, y, z, color = surface.col[as.numeric(groups)], radius = size)
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
+    else
-    R     <- end-start
+      points3d(x, y, z, color = surface.col[as.numeric(groups)])
-    h     <- R/abs(k)
   }
-  tbl     <- tb.make.table.I(x, start, end, h, right, histogram, titleH)
-  return(tbl)
-}
-# With Gabor Grotendieck suggestions (thanks Gabor, very much!)
+  aspect3d(c(1, 1, 1))
-tb.table <- function(x, ...) UseMethod("tb.table")
-# Table form vectors
+  if (surface) {
-tb.table.default <- function(x,
+    xvals <- seq(min(x), max(x), length = grid.lines)
-                             k,
+    yvals <- seq(min(y), max(y), length = grid.lines)
-                             start,
-                             end,
+    dat  <- expand.grid(x = xvals, y = yvals)
-                             h,
-                             breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'),
+    for (i in 1:length(model)) {
-                             right=FALSE,
+      if (is.null(groups)) {
-                             histogram=TRUE,
+        mod <- lm(formula(model[i]))
-                             title.histogram=c('auto', 'none'))
-{
+        if (model.summary)
-  # User defines nothing or not 'x' isn't numeric -> stop
+          summaries[[model[i]]] <- summary(mod)
-  stopifnot(is.numeric(x))
-  x <- na.omit(x)
-  # User defines only 'x'
+        zhat <- matrix(predict(mod, newdata = dat), grid.lines, grid.lines)
-  # (x, {k, start, end, h}, [breaks, right])
+        surface3d(xvals, yvals, zhat, color = surface.col[i], alpha = 0.5, lit = F)
-  if (missing(k) && missing(start) && missing(end) && missing(h) ) {
-    brk   <- match.arg(breaks)
-    switch(brk,
-           Sturges = k <- nclass.Sturges(x),
-           Scott   = k <- nclass.scott(x),
-           FD      = k <- nclass.FD(x))
-    tmp   <- range(x)
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
-    R     <- end-start
-    h     <- R/k
-  }
-  # User defines 'x' and 'k'
-  # (x, k, {start, end, h}, [breaks, right])
-  else if (missing(start) && missing(end) && missing(h)) {
-    stopifnot(length(k) >= 1)
-    tmp   <- range(x)
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
-    R     <- end-start
-    h     <- R/abs(k)
-  }
-  # User defines 'x', 'start' and 'end'
-  # (x, {k,} start, end, {h,} [breaks, right])
-  else if (missing(k) && missing(h)) {
-    stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >=1)
-    tmp <- range(x)
-    R   <- end-start
-    k   <- sqrt(abs(R))
-    if (k < 5)  k <- 5 # min value of k
-    h   <- R/k
-  }
-  # User defines 'x', 'start', 'end' and 'h'
-  # (x, {k,} start, end, h, [breaks, right])
-  else if (missing(k)) {
-    stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >= 1, length(h) >= 1)
-  }
-  else stop('Please, see the function sintax!')
-  if (histogram) {
-    x11()
-    par(mfrow=c(1, 1))
-    title.histogram <- match.arg(title.histogram)
-    switch(title.histogram,
-           auto = titleH <- 'x',
-           none = titleH <- '')
-  }
-  tbl <- tb.make.table.I(x, start, end, h, right, histogram, titleH)
-  return(tbl)
-}
-# Table form data.frames
-tb.table.data.frame <- function(df,
-                                k,
-                                by,
-                                breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'),
-                                right=FALSE,
-                                histogram=TRUE,
-                                title.histogram=c('auto', 'none'))
-{
-  stopifnot(is.data.frame(df))
-  tmpList <- list()
-  nameF   <- character()
-  nameY   <- character()
-  # User didn't defines a factor
+        if (grid)
-  if (missing(by)) {
+          surface3d(xvals, yvals, zhat, color = grid.col, alpha = 0.5,
-    logCol <-  sapply(df, is.numeric)
+            lit = F, front = 'lines', back = 'lines')
-    nHist  <- length(logCol[logCol])
-    if (histogram) {
-      count = 0
-      if (nHist > 1) {
-        x11()
-        par(mfrow=c(4, 1))
       }
-    }
+      else { # groups is not NULL
-    for (i in 1:ncol(df)) {
+        if (!model.by.group) {
-      if (logCol[i]) {
+          for (j in 1:length(levs)) {
-        count  <- (count + 1)
+            mod <- lm(formula(model[i]), subset = (groups == levs[j]))
-        if (count == 5) {
-          x11()
+            if (model.summary)
-          par(mfrow=c(4, 1))
+              summaries[[paste(model[i], '.', levs[j], sep = '')]] <- summary(mod)
-          count <- 1
+            zhat <- matrix(predict(mod, newdata = dat), grid.lines, grid.lines)
+            surface3d(xvals, yvals, zhat, color = surface.col[j], alpha = 0.5, lit = F)
+            if (grid)
+             surface3d(xvals, yvals, zhat, color = grid.col, alpha = 0.5,
+                lit = F, front = 'lines', back = 'lines')
+            texts3d(min(x), min(y), predict(mod, newdata = data.frame(x = min(x), y = min(y),
+              groups = levs[j])), paste(levs[j], ' '), adj = 1, color = surface.col[j])
+          }
+        }
+        else { # model.by.group is TRUE
+          mod <- lm(formula(model[i]), subset = (groups == levs[i]))
+          if (model.summary)
+            summaries[[paste(model[i], '.', levs[i], sep = '')]] <- summary(mod)
+          zhat <- matrix(predict(mod, newdata = dat), grid.lines, grid.lines)
+          surface3d(xvals, yvals, zhat, color = surface.col[i], alpha = 0.5, lit = F)
+          if (grid)
+            surface3d(xvals, yvals, zhat, color = grid.col, alpha = 0.5,
+              lit = F, front = 'lines', back = 'lines')
+          texts3d(min(x), min(y), predict(mod, newdata = data.frame(x = min(x), y = min(y),
+            groups = levs[i])), paste(levs[i], ' '), adj = 1, color = surface.col[i])
         }
-        title.histogram <- match.arg(title.histogram)
-        switch(title.histogram,
-               auto = titleH <- names(logCol[i]),
-               none = titleH <- '')
-        x       <- as.matrix(df[ ,i])
-        tbl     <- tb.make.table.II(x, k, breaks, right, histogram, titleH)
-        tmpList <- c(tmpList, list(tbl))
       }
     }
-    valCol <- logCol[logCol]
-    names(tmpList) <- names(valCol)
-    return(tmpList)
   }
+  if(simple.axes) {
+    axes3d(c('x', 'y', 'z'))
+    title3d(xlab = xlab, ylab = ylab, zlab = zlab)
+  }
+  else
+    decorate3d(xlab = xlab, ylab = ylab, zlab = zlab, box = box)
-  # User defines one factor
+  if (revolutions > 0) {
-  else {
+    start <- proc.time()[3]
-    namesdf   <- names(df)
+    startMatrix <- par3d("userMatrix")
-    pos       <- which(namesdf == by)
+    while ((theta <- speed*(proc.time()[3] - start))/2/pi < revolutions) {
-    stopifnot(is.factor((df[[pos]])))
+      rgl.viewpoint(userMatrix = rotate3d(startMatrix, theta, 0, 0, 1))
-    nF        <- table(df[[pos]])
-    logCol    <- sapply(df, is.numeric)
-    nHist     <- length(logCol[logCol])
-    nDisGraph <- round((length(nF) * nHist) / 12)  # 12 is the maximum easily visible
-    if (histogram) {
-      count <- 0
-      x11()
-      par(mfrow=c(4, 3))
-    }
-    for(i in 1:length(nF)) {
-      tmpdf  <- subset(df, df[[pos]] == names(nF[i]))
-      logCol <- sapply(tmpdf, is.numeric)
-      for (j in 1:ncol(tmpdf)) {
-        if (logCol[j]) {
-          count  <- (count + 1)
-          if (count == 13) {
-            x11()
-            par(mfrow=c(4, 3))
-            count <- 1
-          }
-          nameF  <- names(nF[i])
-          nameY  <- names(logCol[j])
-          nameFY <- paste(nameF,'.', nameY, sep="")
-          title.histogram <- match.arg(title.histogram)
-          switch(title.histogram,
-                 auto = titleH <- nameFY,
-                 none = titleH <- '')
-          x            <- as.matrix(tmpdf[ ,j])
-          tbl          <- tb.make.table.II(x, k, breaks, right, histogram, titleH)
-          newFY        <- list(tbl)
-          names(newFY) <- sub(' +$', '', nameFY)
-          tmpList      <- c(tmpList, newFY)
-        }
-      }
     }
   }
-  return(tmpList)
+  if (model.summary)
+    return(summaries)
+  else
+    return(invisible(NULL))
 }
 </code>
-== Testar função tb.table ==
+== Usando a função plotlm3d ==
-O script abaixo possibilita testar e aprender a usar a função tb.table.
 <code>
 #===============================================================================
-# Name           : tb.table_test
+# Name           : Script to test plotlm3d
-# Original author: Jose Cláudio Faria
+# Author         : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch
-# Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02
+# Date (dd/mm/yy): 2012/07/01
-# Version        : v24
+# Version        : v18
-# Aim            : To learn how to use the function tb.table
+# Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package
 #===============================================================================
-# Observation    : Test it line by line
-#===============================================================================
-# 1.Tables
-# 1.1. Tables from vectors
-#===============================================================================
-## To debug
-# mtrace.off()
-# mtrace(tb.make.table.I)
-# mtrace(tb.make.table.II)
-# mtrace(tb.table.default)
-# mtrace(tb.table.data.frame)
-# Make a vector
-set.seed(1)
-x=rnorm(150, 5, 1)
-tb.table(x, his=F)
-tb.table(x)
-tb.table(x, title.his='none')
-tb.table(x, k=10, his=T)
-#Title
-tb.table(x, title.his='teste') #error!
-tb.table(x, title.his='none')
-tb.table(x, title.his='auto')
-# Equal to above
-tb.table(x, breaks='Sturges')
-# Equal to above
-tb.table(x, breaks='St')
-tb.table(x, breaks='Scott')
-# Equal to above
-tb.table(x, b='Sc')
-tb.table(x, breaks='FD')
-# Equal to above
-tb.table(x, breaks='F')
-tb.table(x, breaks='F', right=T)
-# Will make a error!
-tb.table(x, breaks='S') #('S'turges) and ('S'cott)
-tb.table(x, k=4)
-tb.table(x, k=20)
-# Partial
-tb.table(x, start=4, end=6) # Will make error!
-tb.table(x, start=4, end=6, his=F)
-# Equal to above
-tb.table(x, s=4, e=6, his=F)
-# Partial
-tb.table(x, start=4.5, end=5.5, his=F)
-# Partial
-tb.table(x, start=5, end=6, h=.5, his=F)
-# Nonsense
-tb.table(x, start=0, end=10, h=.5)
-# First and last class forced (fi=0)
-tb.table(x, start=1, end=9, h=1)
-tb.table(x, start=1, end=10, h=2)
-#===============================================================================
-# 1.2. Tables from data.frames
-#===============================================================================
-# Make a data.frame
-mdf=data.frame(X1 =rep(LETTERS[1:4], 25),
-               X2 =as.factor(rep(1:10, 10)),
-               Y1 =c(NA, NA, rnorm(96, 10, 1), NA, NA),
-               Y2 =rnorm(100, 60, 4),
-               Y3 =rnorm(100, 50, 4),
-               Y4 =rnorm(100, 40, 4))
-tb.table(mdf)
-tb.table(mdf, title.his='none')
-# Equal to above
-tb.table(mdf, breaks='Sturges')
-# Equal to above
-tb.table(mdf, breaks='St')
-tb.table(mdf, breaks='Scott')
-tb.table(mdf, breaks='FD')
-tb.table(mdf, k=4)
-tb.table(mdf, k=10)
-levels(mdf$X1)
-tbl = tb.table(mdf, k=5, by='X1')
-length(tbl)
-names(tbl)
-tbl
-tb.table(mdf, breaks='FD', by='X1')
-# A 'big' result: X2 is a factor with 10 levels!
-tb.table(mdf, breaks='FD', by='X2')
-tb.table(mdf, breaks='FD', k=5, by='X2')
+# mtrace(plotlm3d)
+# mtrace.off
-tb.table(iris, k=5)
+# Example 1
+open3d()
+rgl.bringtotop(stay = T)
+with(iris, plotlm3d(Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length,
+                    surface       = F,
+                    groups        = Species,
+                    xlab          = 'SL',
+                    ylab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
+                    grid          = F,
+                    sphere.factor = 1))
-tb.table(iris, k=10)
+# Example 2
+open3d()
+rgl.bringtotop(stay = T)
+with(iris, plotlm3d(Sepal.Length,Sepal.Width, Petal.Length,
+                    model         = c('z ~ x + y',
+                                      'z ~ x + y + I(x^2) + I(y^2) + I(x*y)'),
+                    surface       = T,
+                    groups        = Species,
+                    simple.axes   = F,
+                    box           = T,
+                    xlab          = 'SL',
+                    ylab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
+                    grid          = F,
+                    sphere.factor = 1))
-levels(iris$Species)
+# Example 3
-tbl=tb.table(iris, k=5, by='Species')
+open3d()
-length(tbl)
+rgl.bringtotop(stay = T)
-names(tbl)
+with(iris, plotlm3d(Sepal.Length,Sepal.Width, Petal.Length,
-tbl
+                    model         = c('z ~ x + y',
+                                      'z ~ x + y + I(x^2) + I(y^2) + I(x*y)'),
+                    surface       = T,
+                    xlab          = 'SL',
+                    ylab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
+                    grid          = F,
+                    sphere.factor = 1))
-tb.table(iris, k=5, by='Species', right=T)
+ # Example 4
+ open3d()
+ rgl.bringtotop(stay = T)
+ with(iris, plotlm3d(Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length,
+                     model          = c('z ~ x + y',                            # to setosa
+                                        'z ~ x + y + I(x^2) + I(y^2) + I(x*y)', # to versicolor
+                                        'z ~ I(x^3) + I(y^3)'),                 # to virginica
+                     groups         = Species,
+                     model.by.group = T,
+                     simple.axes    = F,
+                     box            = F,
+                     xlab           = 'SL',
+                     ylab           = 'SW',
+                     zlab           = 'PL',
+                     grid           = F,
+                     sphere.factor  = 1))
-tb.table(iris, breaks='FD', by='Species')
+# Example 5: Netter
+x = c( 274,  180,  375,  205,   86,  265,   98,  330,  195,   53,
+,  372,  236,  157,  370)
+y = c(2450, 3254, 3802, 2838, 2347, 3782, 3008, 2450, 2137, 2560,
+, 4427, 2660, 2088, 2605)
+z = c( 162,  120,  223,  131,   67,  169,   81,  192,  116,   55,
+,  232,  144,  103,  212)
-library(MASS)
+mreg  = lm(z ~ x + y)
-levels(Cars93$Origin)
+ndata = data.frame(x = c(150, 274, 220, 370), y = c(4000, 2800, 3500, 3100))
-tbl=tb.table(Cars93, k=5, by='Origin')
+zpred = predict(mreg, newdata = ndata, se.fit = F)
-names(tbl)
-tbl
-tb.table(Cars93, breaks='FD', by='Origin')
+open3d()
+rgl.bringtotop(stay = T)
+plotlm3d(x, y, z,
+         surface = T,
+         model   = 'z ~ x + y',
+         xlab    = 'x',
+         ylab    = 'y',
+         zlab    = 'z')
+spheres3d(x = c(150, 274, 220, 370), y = c(4000, 2800, 3500, 3100), zpred,
+          col = 'red', radius = 60)
 </code>

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