Setup and Linux Install

Here there are how to install from an "fresh" linux installation. Here we assume an Ubuntu (gutsy) installation but and appropriate changes should be done for other Linux "flavors".

1. Installaing the R software

1.1 Add the R repository in the source.list (alternativelly you may use the synaptic tool).

1.1.1 Open the file:

$ sudo su -
root$ vim /etc/apt/sources.list

1.1.2 Add the repository by including the following line to the source.list file

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu gutsy/ 

1.2.3 Install the keys (Ubuntu specific)

root$ gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821
root$ gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -
root$ apt-get update

1.2.4 Install R

root$ apt-get install r-base r-base-core r-base-html r-base-latex r-doc-html r-doc-info r-doc-pdf r-recommended

2. Install other tools

$ sudo apt-get install g++ libpq-dev gfortran xemacs21 ess

Neste pondo pode-se voltar ao usuário com permissões de sudo

$ wget http://www.leg.ufpr.br/aRT/install-aRT-dep.zip
$ unzip install-aRT-dep.zip
$ sudo ./install-aRT-dep.sh --add-system-variables

Este último passo deve demorar bastante!

Neste ultimo passo uma série de programas do Ubuntu foram atualizados e/ou instalados. (Clicar em (S) qudo solicitado para instalar o programa). Em particular foi instalado o banco MySQL.
Nota: Na instalação é pedida a senha de "root" para o administrador do banco. MySQL que defini como sendo 'aluno'.

Ainda neste último passo, após a atualização dos programas do Ubuntu é automaticamente feita o download e compilação do TerraLib/TerraView (e isto demora MUITO!!!).

A seguir faça crie o link simbólico

$ sudo ln -s /usr/local/terralib/aplicativos/terraView/linux/terraView /usr/bin
$ source /etc/bash.bashrc

Inicie o R como sudo e instale pacotes necessários

$ sudo R

Na linha de comando do R ( > ) digite:

> install.packages("sp", dep=T, repos="http://cran.fiocruz.br/")
> install.packages("aRT", contrib="http://www.leg.ufpr.br/aRT")

E para instalar todos os pacotes de análise espacial do R faça tb (ainda no prompt do R):

> install.packages("ctv", dep=T, repos="http://cran.fiocruz.br/")
> require(ctv)
> install.views("Spatial")  ## bastante demorado!!

Para dar privilégions totais a um usuário no MySQL:

1. Inicie o mysql na linha de comando do LINUX com:

$ mysql -u root -p

- No prompt do MySQL: (indicado por >) digite, por exemplo apra o usuário aluno):

> grant all privileges on *.* to aluno@localhost