Setup and Linux Install

Here there are how to install from an "fresh" linux installation

$ sudo su -
root$ vim /etc/apt/sources.list

Adicione no arquivo sources.list a linha do repositório do R:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu gutsy/

Agora instale as chaves do repositório do R para o Ubuntu

root$ gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821
root$ gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add -
root$ apt-get update

Neste pondo pode-se voltar ao usuario com permissoes de sudo

$ sudo apt-get install g++ libpq-dev
$ sudo apt-get install r-base r-base-core r-base-html r-base-latex r-doc-html r-doc-info r-doc-pdf r-recommended
$ wget http://www.leg.ufpr.br/aRT/install-aRT-dep.zip
$ unzip install-aRT-dep.zip
$ sudo ./install-aRT-dep.sh --add-system-variables

Este último passo deve demorar bastante!

Neste ultimo passo uma série de programas do Ubuntu foram atualizados e/ou instalados. (Clicar em (S) qudo solicitado para instalar o programa). Em particular foi instalado o banco MySQL.
Nota: Na instalação é pedida a senha de "root" para o administrador do banco. MySQL que defini como sendo 'aluno'.

Ainda neste último passo, após a atualização dos programas do Ubuntu é automaticamente feita o download e compilação do TerraLib/TerraView (e isto demora MUITO!!!).

A seguir faça crie o link simbólico

$ sudo ln -s /usr/local/terralib/aplicativos/terraView/linux/terraView /usr/bin
$ source /etc/bash.bashrc

Inicie o R como sudo i instale pacotes necessários

$ sudo R

Na linha de comando do R ( > ) digite:

> install.packages("sp", dep=T, repos="http://cran.fiocruz.br/")
> install.packages("aRT", contrib="http://www.leg.ufpr.br/aRT")

E para instalar todos os pacotes de análise espacial do R faça tb (ainda no prompt do R):

> install.packages("ctv", dep=T, repos="http://cran.fiocruz.br/")
> require(ctv)
> install.views("Spatial")  ## bastante demorado!!

Para dar privilégions totais a um usuário no MySQL:

1. Inicie o mysql na linha de comando do LINUX com:

$ mysql -u root -p

- No prompt do MySQL: (indicado por >) digite, por exemplo apra o usuário aluno):

> grant all privileges on *.* to aluno@localhost