Não foi possível enviar o arquivo. Será algum problema com as permissões?
Diferenças
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software:art:install [2007/12/10 19:31] paulojus |
software:art:install [2007/12/11 10:14] paulojus |
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| Linha 1: | Linha 1: | ||
| ====== Setup and Linux Install ====== | ====== Setup and Linux Install ====== | ||
| - | Here there are how to install from an "fresh" linux installation | + | Here there are how to install from an "fresh" linux installation. Here we assume an ''Ubuntu (gutsy)'' installation but and appropriate changes should be done for other Linux "flavors". |
| + | We will also assume you have ''root'' access to the system, altough many instructions can also use ''sudo'' | ||
| + | |||
| + | ==== Installing the R software ==== | ||
| + | |||
| + | 1. Add the R repository in the ''source.list'' (alternativelly you may wish to use the synaptic tool).\\ | ||
| + | 1.1 Open the file:\\ | ||
| $ sudo su - | $ sudo su - | ||
| root$ vim /etc/apt/sources.list | root$ vim /etc/apt/sources.list | ||
| - | Adicione no arquivo sources.list a linha do repositório do R:\\ | + | 1.2 Add the repository by including the following line to the ''source.list'' file\\ |
| - | + | deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu gutsy/ | |
| - | deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu gutsy/ | + | |
| - | Agora instale as chaves do repositório do R para o Ubuntu | + | 1.3 Install the keys (Ubuntu specific)\\ |
| root$ gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821 | root$ gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821 | ||
| root$ gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add - | root$ gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add - | ||
| root$ apt-get update | root$ apt-get update | ||
| - | Neste pondo pode-se voltar ao usuario com permissoes de sudo | + | 1.4 Install R |
| + | root$ apt-get install r-base r-base-core r-base-html r-base-latex r-doc-html r-doc-info r-doc-pdf r-recommended | ||
| - | $ sudo apt-get install g++ libpq-dev | + | ==== Install other tools ==== |
| - | $ sudo apt-get install r-base r-base-core r-base-html r-base-latex r-doc-html r-doc-info r-doc-pdf r-recommended | + | root$ sudo apt-get install g++ libpq-dev gfortran xemacs21 ess |
| - | $ wget http://www.leg.ufpr.br/aRT/install-aRT-dep.zip | + | |
| - | $ unzip install-aRT-dep.zip | + | |
| - | $ sudo ./install-aRT-dep.sh --add-system-variables | + | |
| - | Este último passo deve demorar bastante! | + | ==== Get the tools to install **aRT** dependencies ==== |
| + | This includes installing a ''MySQL'' data base and compiling ''TerraLib''\\ | ||
| + | root$ wget http://www.leg.ufpr.br/aRT/install-aRT-dep.zip | ||
| + | root$ unzip install-aRT-dep.zip | ||
| + | root$ sudo ./install-aRT-dep.sh --add-system-variables | ||
| Neste ultimo passo uma série de programas do Ubuntu foram atualizados e/ou instalados. (Clicar em (S) qudo solicitado para instalar o programa). Em particular foi instalado o banco MySQL. \\ | Neste ultimo passo uma série de programas do Ubuntu foram atualizados e/ou instalados. (Clicar em (S) qudo solicitado para instalar o programa). Em particular foi instalado o banco MySQL. \\ | ||
| - | **Nota:** Na instalação é pedida a senha de "root" para o administrador do banco. MySQL que defini como sendo 'aluno'. | + | **Nota:** Na instalação é pedida a senha de "root" para o administrador do banco, que não é a mesma do sistema! |
| + | The last step takes a long time compiling ''Terralib''. | ||
| Ainda neste último passo, após a atualização dos programas do Ubuntu é automaticamente feita o download e compilação do TerraLib/TerraView (e isto demora MUITO!!!). | Ainda neste último passo, após a atualização dos programas do Ubuntu é automaticamente feita o download e compilação do TerraLib/TerraView (e isto demora MUITO!!!). | ||
| - | A seguir faça crie o link simbólico | + | Create a symbolic link to call the **terraView** application\\ |
| $ sudo ln -s /usr/local/terralib/aplicativos/terraView/linux/terraView /usr/bin | $ sudo ln -s /usr/local/terralib/aplicativos/terraView/linux/terraView /usr/bin | ||
| $ source /etc/bash.bashrc | $ source /etc/bash.bashrc | ||
| - | Inicie o R como sudo i instale pacotes necessários | + | ==== Installing R packages: aRT and sp ==== |
| - | + | Start R:\\ | |
| - | $ sudo R | + | root$ R |
| - | + | ||
| - | Na linha de comando do R ( > ) digite: | + | |
| + | At the R prompt ''( > )'' type the following commands to install the packages ''sp'' and ''aRT''. ''aRT'' depends on ''sp'' since uses the representation of spatial objects defined by this package. \\ | ||
| > install.packages("sp", dep=T, repos="http://cran.fiocruz.br/") | > install.packages("sp", dep=T, repos="http://cran.fiocruz.br/") | ||
| > install.packages("aRT", contrib="http://www.leg.ufpr.br/aRT") | > install.packages("aRT", contrib="http://www.leg.ufpr.br/aRT") | ||
| - | E para instalar **todos** os pacotes de análise espacial do R faça tb (ainda no prompt do R): | + | ==== Installing other R Spatial packages ==== |
| + | You may wish to install other **Spatial** packages from the R-PROJECT. Required packages can be installed individually or the entire //CRAN SPATIAL Task View// can be installed as follows from the R prompt.\\ | ||
| > install.packages("ctv", dep=T, repos="http://cran.fiocruz.br/") | > install.packages("ctv", dep=T, repos="http://cran.fiocruz.br/") | ||
| > require(ctv) | > require(ctv) | ||
| - | > install.views("Spatial") ## bastante demorado!! | + | > install.views("Spatial") ## takes a loooooog time |
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| - | Para dar privilégions totais a um usuário no MySQL: | + | |
| - | + | ||
| - | - Inicie o mysql na linha de comando do LINUX com: | + | |
| - | $ mysql -u root -p | + | Quit R with: |
| + | > q(save=T) | ||
| - | - No ''prompt'' do MySQL: (indicado por >) digite, por exemplo apra o usuário aluno): | + | ==== MySQL setup === |
| + | Start the BDMS with ''root'' (DBMS root, not system root!!!) permissions from the linux prompt with:\\ | ||
| + | root$ mysql -u root -p | ||
| + | You will be prompt for the DBMS root password. After typing it in you will the the mysql prompt ''(mysql >)''. To grant full privileges to a MySQL user (''aluno'' in the example below) type:\\ | ||
| > grant all privileges on *.* to aluno@localhost | > grant all privileges on *.* to aluno@localhost | ||
| + | Other user and permissions can be set. However we will use **aRT** tools to do this!!! Even the above instructions could be se from **aRT** (using the aRT function ''addPermissions()'') if the DBMS root pasword is available. | ||
