Programação de métodos estatísticos integrando as linguagens C e R

Minicurso (INFORMAL) sobre programação envolvendo e combinando as linguagens C e R.

Será mostrado como pode-se escrever programas em C, utilizando procedimentos e rotinas do R (e ainda de outras bibliotecas como LAPACK etc).
Como exemplo serão mostrados como implementar alguns métodos e operações úteis e comuns em estatística.

Em resumo, o objetivo é fazer um cálculo em C com argumentos declarados em R. Por exemplo, procedimentos iterativos (for, while, repeat) são mais eficientes em C. Podemos programar um procedimento desses em C, gerar uma biblioteca dinamica e usa-la a partir do R, bastando chamar a funcao C e passar os argumentos como ponteiro.

Eventualmente o procedimento que vamos programar em C requer uso de funções de cálculos mais avançados, tais como inversão de matrizes, geração de números aleatórios, optimização, etc. Para isso, usamos bibliotecas R escritas em C, que fazem esses cálculos, dentro do nosso programa em C.

Os tópicos abordados no curso podem serão divididos em 3 aulas:

1. aula 1
   1. soma e media de vetores
   2. outer e produto matricial
2. aula 2
   1. geracao de numeros aleatorios e calculo de probabilidades
   2. analise de regressao linear simples
   3. modelo de regressao de poisson
   4. numeros aleatorios da distribuicao normal multivariada
3. aula 3
   1. determinante e inversao de matrizes
   2. densidade da distribuicao normal multivariada
   3. exemplo de MCMC
   4. chamando funcao R a partir do C==== Instruções aos interessados ==== * trazer notebook (se possuir) * **se usuário de Linux:** instalar os pacotes necessários. Para Debian/Ubuntu & outros que usam APT: <code> apt-get install r-base r-base-core r-base-dev r-mathlib r-recommended lapack3-dev gcc gfortran </code> OBS: Se não houver habilitação para pacotes dev no seu computador, substitua lapack3-dev por lapack3 * **se usuário de Windows:**\\ ter instalado o R e o Rtools (ver instruções para instalar o Rtools na [[http://www.murdoch-sutherland.com/Rtools/ Página do Rtools]]).
      

        * OBS1: O Rtools contém:     
          * Perl (in Rtools.exe)
          * The command line tools (in Rtools.exe), necessário devido a pobreza de funcionalidades via comandos do Windows
          * The MinGW compilers (in Rtools.exe) 
        * OBS2: É trabalhoso configurar o ambiente em Windows: Instalar Rtools e configurar a variável de ambiente. \\ 

      Portanto, procure fazer isso antes. Veja instruções em Windows toolset ==== Material ==== AULA 1 * Introdução - Vejam como é simples chamar uma função em C no R. * Arquivo 1 - C: soma de vetores, outer e produto de matrizes * Arquivo 2 - R: exemplos usando arquivo anterior * Arquivo 3 - função naive(não eficiente) para produto matricial em R AULA 2 * Arquivo 1 - C: exemplos com geradores de números aleatórios, cálulo de densidades, quantis e probabilidades * Arquivo 2 - R: exemplos usando anterior * Arquivo 3 - C: gerador de amostras da Normal Multivariada * Arquivo 4 - R: exemplos usando anterior * Arquivo 5 - C: Regressão linear simples em C * Arquivo 6 - R: exemplo usando anterior * Arquivo 7 - C:Regressão Poisson em C * Exericicio AULA 3 * Arquivo 1 e Arquivo 1 B - Arquivo de código fonte de pacote exemplo e compilado * Arquivo 2 - R: teste do pacote * Arquivo 3 - R: implementação em R do MCMC implementado em C * Arquivo 4 - C: chamada de função R em C

• Arquivo 5 - R: exemplos usando anterior

Lista de participantes do curso

1. Incrições:
   • email to paulojus AT leg.ufpr.br
2. Promoção: LEG
3. Agradecimento especial: Paulo Justiniano Ribeiro Junior