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walmes
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walmes
Linha 3: Linha 3:
 === Descrição === === Descrição ===
  
-Disciplina: Tópicos Especiais - Modelagem e análise de dados experimentais com o programa computacional R \\+Disciplina: Tópicos Especiais ​(AF 722) - Modelagem e análise de dados experimentais com o programa computacional R \\ 
 +Professor Coordenador:​ PhD. Louise Larissa May De Mio \\
 Professor Coordenador:​ PhD. [[http://​www.leg.ufpr.br/​~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior, LEG/UFPR]] \\ Professor Coordenador:​ PhD. [[http://​www.leg.ufpr.br/​~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior, LEG/UFPR]] \\
 Professor Colaborador:​ MSc. [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes|Walmes Marques Zeviani, LEG/UFPR]] \\ Professor Colaborador:​ MSc. [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes|Walmes Marques Zeviani, LEG/UFPR]] \\
-Nº de Créditos: ​\\ +Nº de Créditos: ​\\ 
-Carga horária: ​30h \\ +Carga horária: ​60h \\ 
-Período Letivo: ​7 à 11 de Fevereiro de 2011 \\+Período Letivo: ​2º semestre ​de 2012 \\
  
 === Referências bibliográficas === === Referências bibliográficas ===
Linha 120: Linha 121:
 === Material usado no curso === === Material usado no curso ===
  
-  * Guia com rotinas em *pdf [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​cursoR3.pdf|(download)]];​ +Diretório ​com arquivos de dados e scripts do curso{{http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/}}
-  * Guia com rotinas em *R [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​cursoR3.R|(download)]];​ +
-  * Dados em planilha eletrônica (*.xls) [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​dados.xls|(download)]];​ +
-  * Dados em arquivos de texto (*.txt) compactados (*.zip) [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​dadostxt.zip|(download)]];​+
  
 === Cronograma de atividades do Curso === === Cronograma de atividades do Curso ===
Linha 130: Linha 128:
   * Tarde (T): 13:​30-15:​00,​ 15:​20-14:​30;​   * Tarde (T): 13:​30-15:​00,​ 15:​20-14:​30;​
  
-^  Data ^ Atividade ^ +^  Data   Atividade ​ ​^ ​ Script  ​
-| aula 01, 10/08 (M) sex | Informações gerais sobre à disciplina. ​Instalação do R. Primeiros ​passos ​e importação de dados +| aula 01, 10/08 (M) sex | Informações gerais sobre à disciplina. ​Introdução ao R, download, instação, primeiros ​passos. | [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula1.R]] ​
-| aula 02, 10/09 (M) seg | | +| aula 02, 10/09 (M) seg | Importação de dados no formato texto. | [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula2.R]] ​|  
-| aula 03, 13/09 (M) qui | | +| aula 03, 13/09 (M) qui | Importação e visualização de dados. | [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula3.R]] ​
-| aula 04, 14/09 (M) sex | +| aula 04, 14/09 (M) sex | Aplicando filtrosselecionando subconjuntos e gráficos da lattice. ​[[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula4.R]] ​
-| aula 0514/09 (T) sex Exposição dos problemas de planejamento experimental. | +| aula 05, 22/10 (M) seg | Simulando dados, regressão polinomial e não linear. | [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula5.R]] ​
-| aula 06, 22/10 (M) seg | | +| aula 06, 25/10 (M) qui | Análise de experimento com alternativas para satisfazer os pressupostos. | [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula6.R]] ​
-| aula 07, 25/10 (M) qui | | +| aula 07, 26/10 (M) sex | Análise de experimento,​ ajuste de polinômio e modelos segmentados. | [[http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​cursoR/​af722_2012/​aula7.R]] ​
-| aula 08, 26/10 (M) sex | | +| aula 08, 01/11 (M) qui | Programado: aula teórica análise contagem e proporção. ​| | 
-| aula 09, 01/11 (M) qua | | +| aula 0901/11 (Tqui | Programado: exposição dos casos experimentais. ​| | 
-| aula 1014/11 (Mqua | | +| aula 1028/11 (M) qua | Programado: (08:​00-12:​00) exposição das análises dos dados. ​| | 
-| aula 1114/11 (M) qua | | + 
-aula 1219/11 (Mseg Defesa ​do planejamento experimental. | +=== Vídeos === 
-aula 1319/11 (Tseg | Defesa do planejamento experimental. |+ 
 +  * {{http://​www.youtube.com/​watch?​v=ExVhaN36jBs|Least Squares Regression Line Notes}}; 
 +  * {{http://​www.youtube.com/​watch?​v=0cUFTQs-PUo&​feature=related|Least Squares Regression}};​ 
 +  * {{http://​www.youtube.com/​watch?​v=MIqyiGvrUXE&​feature=related|Introductory Statistics - Chapter 10: Regression}};​ 
 +  * {{http://​www.r-tutor.com/​elementary-statistics/​hypothesis-testing|Hypotesis test with R}}; 
 + 
 +=== Código === 
 + 
 +<​code>​ 
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------ 
 + 
 +vol <- read.table("​http://​www.leg.ufpr.br/​~walmes/​data/​volume.txt"​, 
 +                  header=TRUE,​ sep="​\t"​) 
 +str(vol) 
 +vol$dos <- factor(vol$dose) 
 + 
 +xyplot(volu~dose|gen,​ data=vol) 
 + 
 +m0 <- aov(volu~gen+dos+gen:​dos,​ data=vol) 
 +anova(m0) 
 + 
 +par(mfrow=c(2,​2));​ plot(m0); layout(1) 
 + 
 +boxcox(m0) 
 + 
 +m1 <- aov((volu^(1/3))~gen+dos+gen:​dos,​ data=vol) 
 +par(mfrow=c(2,​2));​ plot(m1); layout(1) 
 +anova(m1) 
 + 
 +with(vol, fat2.crd(gen,​ dos, volu^(1/3), mcomp=c("​sk","​tukey"​))) 
 + 
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------ 
 + 
 +plot(residuals(m0)~vol$dos) 
 +plot(residuals(m0)~vol$dose) 
 + 
 +qqmath(~residuals(m0)|vol$dose) 
 + 
 +pesos <- tapply(residuals(m0),​ vol$dose, var) 
 +vol$pesos <- rep(pesos, each=27) 
 + 
 +m2 <- aov(volu~gen+dos+gen:​dos,​ data=vol, weights=1/​vol$pesos) 
 +par(mfrow=c(2,​2));​ plot(m2); layout(1) 
 +anova(m2) 
 + 
 +require(doBy) 
 + 
 +popMeans(m2,​ effect="​gen"​) 
 +popMeans(m2,​ effect="​dos"​) 
 +popMeans(m2,​ effect=c("​gen",​ "​dos"​)) 
 + 
 +require(agricolae) 
 +glr <- df.residual(m2) 
 +s2 <- deviance(m2)/​df.residual(m2) 
 + 
 +with(subset(vol,​ dose=="​0"​),​ 
 +     ​HSD.test(volu,​ gen, DFerror=glr,​ MSerror=pesos[1]*s2)) 
 + 
 +with(subset(vol,​ dose=="​5"​),​ 
 +     ​HSD.test(volu,​ gen, DFerror=glr,​ MSerror=pesos[2]*s2)) 
 + 
 +with(subset(vol,​ dose=="​25"​),​ 
 +     ​HSD.test(volu,​ gen, DFerror=glr,​ MSerror=pesos[3]*s2)) 
 + 
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------ 
 +# dose em cada genótipo 
 + 
 +X <- popMatrix(m2,​ effect=c("​gen",​ "​dos"​)) 
 +contr <- expand.grid(gen=levels(vol$gen),​ dos=levels(vol$dos)) 
 +which(contr$gen=="​ATF06B"​) 
 + 
 +contr.x <- rbind("​0vs5"​=X[1,​]-X[10,​],​ 
 +                 "​0vs25"​=X[1,​]-X[19,​],​ 
 +                 "​5vs25"​=X[10,​]-X[19,​]) 
 +contr.x%*%coef(m2) # estimativas dos contrastes 
 +contr.x%*%vcov(m2)%*%t(contr.x) 
 + 
 +summary(glht(m2,​ linfct=contr.x)) 
 + 
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------ 
 +# fizemos isso para um único nível de gen, o código abaixo faz para todos 
 + 
 +lM <- lapply(levels(vol$gen),​ 
 +             ​function(g){ 
 +               ​X[contr$gen==g,​] 
 +             }) 
 +lM 
 + 
 +com <- combn(3, 2) 
 + 
 +compr <- lapply(lM,​ 
 +                function(i){ 
 +                  m <- t(apply(com,​ 2, function(j) i[j[1],​]-i[j[2],​])) 
 +                }) 
 +names(compr) <- levels(vol$gen) 
 +compr 
 + 
 +lapply(compr,​ function(g) summary(glht(m2,​ linfct=g))) 
 + 
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------ 
 +# colocando os resultados em um gráfico com IC 
 + 
 +IC <- lapply(compr,​ function(g) confint(glht(m2,​ linfct=g))) 
 +IC <- lapply(IC, "​[[",​ "​confint"​) #​IC[[1]]$confint 
 +IC <- do.call(rbind, IC) 
 +nm <- apply(com, 2, function(i) paste(levels(vol$dos)[i[1]],​ levels(vol$dos)[i[2]],​ sep="​vs"​)) 
 + 
 +IC <- cbind(expand.grid(compr=nm,​ gen=levels(vol$gen)),​ IC) 
 +str(IC) 
 + 
 +require(latticeExtra) 
 + 
 +segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC) 
 + 
 +segplot(compr~lwr+upr|gendata=IC, layout=c(1,9)
 +        strip.left=TRUE, strip=FALSE,​ 
 +        draw.bands=FALSE,​ centers=Estimate,​ 
 +        segments.fun=panel.arrows,​ ends="​both",​ 
 +        angle=90, length=1, unit="​mm"​) 
 + 
 +segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC, layout=c(1,​9),​ 
 +        strip.left=TRUE,​ strip=FALSE,​ 
 +        draw.bands=FALSE,​ centers=Estimate,​ 
 +        segments.fun=panel.arrows,​ ends="​both",​ 
 +        angle=90, length=1, unit="​mm",​ 
 +        panel=function(...){ 
 +          panel.segplot(...) 
 +          panel.abline(v=0,​ col=2) 
 +        }) 
 + 
 +#​------------------------------------------------------------------------------------------ 
 + 
 +</​code>​

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