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walmes
+++ pessoais:walmes:cursoragrarias2012 [2012/10/26 08:50]
walmes
@@ Linha 149: / Linha 149: @@
   * {{http://www.youtube.com/watch?v=MIqyiGvrUXE&feature=related|Introductory Statistics - Chapter 10: Regression}};
   * {{http://www.r-tutor.com/elementary-statistics/hypothesis-testing|Hypotesis test with R}};
+=== Código ===
+<code>
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+vol <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/volume.txt",
+                  header=TRUE, sep="\t")
+str(vol)
+vol$dos <- factor(vol$dose)
+xyplot(volu~dose|gen, data=vol)
+m0 <- aov(volu~gen+dos+gen:dos, data=vol)
+anova(m0)
+par(mfrow=c(2,2)); plot(m0); layout(1)
+boxcox(m0)
+m1 <- aov((volu^(1/3))~gen+dos+gen:dos, data=vol)
+par(mfrow=c(2,2)); plot(m1); layout(1)
+anova(m1)
+with(vol, fat2.crd(gen, dos, volu^(1/3), mcomp=c("sk","tukey")))
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+plot(residuals(m0)~vol$dos)
+plot(residuals(m0)~vol$dose)
+qqmath(~residuals(m0)|vol$dose)
+pesos <- tapply(residuals(m0), vol$dose, var)
+vol$pesos <- rep(pesos, each=27)
+m2 <- aov(volu~gen+dos+gen:dos, data=vol, weights=1/vol$pesos)
+par(mfrow=c(2,2)); plot(m2); layout(1)
+anova(m2)
+require(doBy)
+popMeans(m2, effect="gen")
+popMeans(m2, effect="dos")
+popMeans(m2, effect=c("gen", "dos"))
+require(agricolae)
+glr <- df.residual(m2)
+s2 <- deviance(m2)/df.residual(m2)
+with(subset(vol, dose=="0"),
+     HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[1]*s2))
+with(subset(vol, dose=="5"),
+     HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[2]*s2))
+with(subset(vol, dose=="25"),
+     HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[3]*s2))
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+# dose em cada genótipo
+X <- popMatrix(m2, effect=c("gen", "dos"))
+contr <- expand.grid(gen=levels(vol$gen), dos=levels(vol$dos))
+which(contr$gen=="ATF06B")
+contr.x <- rbind("0vs5"=X[1,]-X[10,],
+                 "0vs25"=X[1,]-X[19,],
+                 "5vs25"=X[10,]-X[19,])
+contr.x%*%coef(m2) # estimativas dos contrastes
+contr.x%*%vcov(m2)%*%t(contr.x)
+summary(glht(m2, linfct=contr.x))
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+# fizemos isso para um único nível de gen, o código abaixo faz para todos
+lM <- lapply(levels(vol$gen),
+             function(g){
+               X[contr$gen==g,]
+             })
+lM
+com <- combn(3, 2)
+compr <- lapply(lM,
+                function(i){
+                  m <- t(apply(com, 2, function(j) i[j[1],]-i[j[2],]))
+                })
+names(compr) <- levels(vol$gen)
+compr
+lapply(compr, function(g) summary(glht(m2, linfct=g)))
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+# colocando os resultados em um gráfico com IC
+IC <- lapply(compr, function(g) confint(glht(m2, linfct=g)))
+IC <- lapply(IC, "[[", "confint") #IC[[1]]$confint
+IC <- do.call(rbind, IC)
+nm <- apply(com, 2, function(i) paste(levels(vol$dos)[i[1]], levels(vol$dos)[i[2]], sep="vs"))
+IC <- cbind(expand.grid(compr=nm, gen=levels(vol$gen)), IC)
+str(IC)
+require(latticeExtra)
+segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC)
+segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC, layout=c(1,9),
+        strip.left=TRUE, strip=FALSE,
+        draw.bands=FALSE, centers=Estimate,
+        segments.fun=panel.arrows, ends="both",
+        angle=90, length=1, unit="mm")
+segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC, layout=c(1,9),
+        strip.left=TRUE, strip=FALSE,
+        draw.bands=FALSE, centers=Estimate,
+        segments.fun=panel.arrows, ends="both",
+        angle=90, length=1, unit="mm",
+        panel=function(...){
+          panel.segplot(...)
+          panel.abline(v=0, col=2)
+        })
+#------------------------------------------------------------------------------------------
+</code>

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