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pessoais:walmes:cursoragrarias2012 [2012/08/07 22:27] walmes |
pessoais:walmes:cursoragrarias2012 [2012/10/26 08:50] walmes |
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Linha 3: | Linha 3: | ||
=== Descrição === | === Descrição === | ||
- | Disciplina: Tópicos Especiais - Modelagem e análise de dados experimentais com o programa computacional R \\ | + | Disciplina: Tópicos Especiais (AF 722) - Modelagem e análise de dados experimentais com o programa computacional R \\ |
+ | Professor Coordenador: PhD. Louise Larissa May De Mio \\ | ||
Professor Coordenador: PhD. [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior, LEG/UFPR]] \\ | Professor Coordenador: PhD. [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus|Paulo Justiniano Ribeiro Júnior, LEG/UFPR]] \\ | ||
Professor Colaborador: MSc. [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes|Walmes Marques Zeviani, LEG/UFPR]] \\ | Professor Colaborador: MSc. [[http://www.leg.ufpr.br/~walmes|Walmes Marques Zeviani, LEG/UFPR]] \\ | ||
- | Nº de Créditos: 2 \\ | + | Nº de Créditos: 4 \\ |
Carga horária: 60h \\ | Carga horária: 60h \\ | ||
Período Letivo: 2º semestre de 2012 \\ | Período Letivo: 2º semestre de 2012 \\ | ||
Linha 120: | Linha 121: | ||
=== Material usado no curso === | === Material usado no curso === | ||
- | (Editar) | + | Diretório com arquivos de dados e scripts do curso: {{http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/af722_2012/}} |
=== Cronograma de atividades do Curso === | === Cronograma de atividades do Curso === | ||
Linha 129: | Linha 130: | ||
^ Data ^ Atividade ^ Extra ^ | ^ Data ^ Atividade ^ Extra ^ | ||
| aula 01, 10/08 (M) sex | Informações gerais sobre à disciplina. Instalação do R. Primeiros passos e importação de dados | | | | aula 01, 10/08 (M) sex | Informações gerais sobre à disciplina. Instalação do R. Primeiros passos e importação de dados | | | ||
- | | aula 02, 10/09 (M) seg | | | | + | | aula 02, 10/09 (M) seg | Importação de dados no formato texto. | | |
- | | aula 03, 13/09 (M) qui | | | | + | | aula 03, 13/09 (M) qui | Importação e análise gráfica exploratória. | | |
| aula 04, 14/09 (M) sex | | | | | aula 04, 14/09 (M) sex | | | | ||
| aula 05, 14/09 (T) sex | Exposição dos problemas de planejamento experimental. | | | | aula 05, 14/09 (T) sex | Exposição dos problemas de planejamento experimental. | | | ||
Linha 141: | Linha 142: | ||
| aula 12, 19/11 (M) seg | Defesa do planejamento experimental. | | | | aula 12, 19/11 (M) seg | Defesa do planejamento experimental. | | | ||
| aula 13, 19/11 (T) seg | Defesa do planejamento experimental. | | | | aula 13, 19/11 (T) seg | Defesa do planejamento experimental. | | | ||
+ | |||
+ | === Vídeos === | ||
+ | |||
+ | * {{http://www.youtube.com/watch?v=ExVhaN36jBs|Least Squares Regression Line Notes}}; | ||
+ | * {{http://www.youtube.com/watch?v=0cUFTQs-PUo&feature=related|Least Squares Regression}}; | ||
+ | * {{http://www.youtube.com/watch?v=MIqyiGvrUXE&feature=related|Introductory Statistics - Chapter 10: Regression}}; | ||
+ | * {{http://www.r-tutor.com/elementary-statistics/hypothesis-testing|Hypotesis test with R}}; | ||
+ | |||
+ | === Código === | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | #------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | vol <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/volume.txt", | ||
+ | header=TRUE, sep="\t") | ||
+ | str(vol) | ||
+ | vol$dos <- factor(vol$dose) | ||
+ | |||
+ | xyplot(volu~dose|gen, data=vol) | ||
+ | |||
+ | m0 <- aov(volu~gen+dos+gen:dos, data=vol) | ||
+ | anova(m0) | ||
+ | |||
+ | par(mfrow=c(2,2)); plot(m0); layout(1) | ||
+ | |||
+ | boxcox(m0) | ||
+ | |||
+ | m1 <- aov((volu^(1/3))~gen+dos+gen:dos, data=vol) | ||
+ | par(mfrow=c(2,2)); plot(m1); layout(1) | ||
+ | anova(m1) | ||
+ | |||
+ | with(vol, fat2.crd(gen, dos, volu^(1/3), mcomp=c("sk","tukey"))) | ||
+ | |||
+ | #------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | plot(residuals(m0)~vol$dos) | ||
+ | plot(residuals(m0)~vol$dose) | ||
+ | |||
+ | qqmath(~residuals(m0)|vol$dose) | ||
+ | |||
+ | pesos <- tapply(residuals(m0), vol$dose, var) | ||
+ | vol$pesos <- rep(pesos, each=27) | ||
+ | |||
+ | m2 <- aov(volu~gen+dos+gen:dos, data=vol, weights=1/vol$pesos) | ||
+ | par(mfrow=c(2,2)); plot(m2); layout(1) | ||
+ | anova(m2) | ||
+ | |||
+ | require(doBy) | ||
+ | |||
+ | popMeans(m2, effect="gen") | ||
+ | popMeans(m2, effect="dos") | ||
+ | popMeans(m2, effect=c("gen", "dos")) | ||
+ | |||
+ | require(agricolae) | ||
+ | glr <- df.residual(m2) | ||
+ | s2 <- deviance(m2)/df.residual(m2) | ||
+ | |||
+ | with(subset(vol, dose=="0"), | ||
+ | HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[1]*s2)) | ||
+ | |||
+ | with(subset(vol, dose=="5"), | ||
+ | HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[2]*s2)) | ||
+ | |||
+ | with(subset(vol, dose=="25"), | ||
+ | HSD.test(volu, gen, DFerror=glr, MSerror=pesos[3]*s2)) | ||
+ | |||
+ | #------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | # dose em cada genótipo | ||
+ | |||
+ | X <- popMatrix(m2, effect=c("gen", "dos")) | ||
+ | contr <- expand.grid(gen=levels(vol$gen), dos=levels(vol$dos)) | ||
+ | which(contr$gen=="ATF06B") | ||
+ | |||
+ | contr.x <- rbind("0vs5"=X[1,]-X[10,], | ||
+ | "0vs25"=X[1,]-X[19,], | ||
+ | "5vs25"=X[10,]-X[19,]) | ||
+ | contr.x%*%coef(m2) # estimativas dos contrastes | ||
+ | contr.x%*%vcov(m2)%*%t(contr.x) | ||
+ | |||
+ | summary(glht(m2, linfct=contr.x)) | ||
+ | |||
+ | #------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | # fizemos isso para um único nível de gen, o código abaixo faz para todos | ||
+ | |||
+ | lM <- lapply(levels(vol$gen), | ||
+ | function(g){ | ||
+ | X[contr$gen==g,] | ||
+ | }) | ||
+ | lM | ||
+ | |||
+ | com <- combn(3, 2) | ||
+ | |||
+ | compr <- lapply(lM, | ||
+ | function(i){ | ||
+ | m <- t(apply(com, 2, function(j) i[j[1],]-i[j[2],])) | ||
+ | }) | ||
+ | names(compr) <- levels(vol$gen) | ||
+ | compr | ||
+ | |||
+ | lapply(compr, function(g) summary(glht(m2, linfct=g))) | ||
+ | |||
+ | #------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | # colocando os resultados em um gráfico com IC | ||
+ | |||
+ | IC <- lapply(compr, function(g) confint(glht(m2, linfct=g))) | ||
+ | IC <- lapply(IC, "[[", "confint") #IC[[1]]$confint | ||
+ | IC <- do.call(rbind, IC) | ||
+ | nm <- apply(com, 2, function(i) paste(levels(vol$dos)[i[1]], levels(vol$dos)[i[2]], sep="vs")) | ||
+ | |||
+ | IC <- cbind(expand.grid(compr=nm, gen=levels(vol$gen)), IC) | ||
+ | str(IC) | ||
+ | |||
+ | require(latticeExtra) | ||
+ | |||
+ | segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC) | ||
+ | |||
+ | segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC, layout=c(1,9), | ||
+ | strip.left=TRUE, strip=FALSE, | ||
+ | draw.bands=FALSE, centers=Estimate, | ||
+ | segments.fun=panel.arrows, ends="both", | ||
+ | angle=90, length=1, unit="mm") | ||
+ | |||
+ | segplot(compr~lwr+upr|gen, data=IC, layout=c(1,9), | ||
+ | strip.left=TRUE, strip=FALSE, | ||
+ | draw.bands=FALSE, centers=Estimate, | ||
+ | segments.fun=panel.arrows, ends="both", | ||
+ | angle=90, length=1, unit="mm", | ||
+ | panel=function(...){ | ||
+ | panel.segplot(...) | ||
+ | panel.abline(v=0, col=2) | ||
+ | }) | ||
+ | |||
+ | #------------------------------------------------------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | </code> |