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Diferenças

Diferenças

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pessoais:jcfaria [2012/08/01 09:11]
jcfaria [section 5] 		pessoais:jcfaria [2012/08/01 19:25] (atual)
jcfaria
Linha 9: Linha 9:
 **1. Quem sou** **1. Quem sou**
  
-- Engenheiro Agrônomo; +- Engenheiro Agrônomo 
- +- Mestrado e Doutorado em Produção Vegetal pela Universidade Federal de Viçosa - UFV/MG 
-- Mestrado e Doutorado em Produção Vegetal pela Universidade Federal de Viçosa - UFV/MG.+- Pós-doc em estatística e experimentação agronômica (ESALQ)
  
  
Linha 18: Linha 18:
 - Professor de estatística e pesquisador da Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC/BA; - Professor de estatística e pesquisador da Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC/BA;
  
-- Coordenador e desenvolvedor do projeto ​Tinn-R (GUI/editor para o ambiente ​R).+- Tenho estado desenvolvendo algumas soluções computacionais voltadas para o ambiente R: 
 +  - Editores: 
 +    - Tinn-R ([[http://​sourceforge.net/​projects/​tinn-r/​]]) 
 +    - Vim-R-plugin ([[http://​www.vim.org/​scripts/​script.php?​script_id=2628]]) 
 +  - Pacotes: 
 +    - bpca ([[http://​cran.r-project.org/​web/​packages/​bpca/​index.html]]) 
 +    - TinnR ([[http://​cran.r-project.org/​web/​packages/​TinnR/​index.html]]) 
 +    - fdth ([[http://​cran.r-project.org/​web/​packages/​fdth/​index.html]]) 
 +    - ScottKnott ([[http://​cran.r-project.org/​web/​packages/​ScottKnott/​index.html]]) 
 +    - TukeyC ([[http://​cran.r-project.org/​web/​packages/​TukeyC/​index.html]])
  
  
 **3. Sobre o R** **3. Sobre o R**
  
-- Gostaria de tê-lo encontrado desde o início de minha carreira na área de estatística computacional.+- Gostaria de tê-lo encontrado desde o início de minha carreira na área de estatística computacional!
  
  
Linha 29: Linha 38:
  
 - Desejo aprofundar os conhecimentos em análise multivariada de dados no ambiente R; - Desejo aprofundar os conhecimentos em análise multivariada de dados no ambiente R;
- 
-- Aprimorar o Tinn-R e disponibilizá-lo também para a plataforma Linux; 
  
 - Trocar experiências com pessoas e equipes envolvidas nestas áreas. - Trocar experiências com pessoas e equipes envolvidas nestas áreas.
Linha 591: Linha 598:
 </​code>​ </​code>​
  
-=== Tabelas e histogramas ​=== +==== Funções úteis ​====
-== Função tb.table == +
- +
-Função simples, flexível mas poderosa para descrever, via tabela de distribuição de freqüências e histogramas,​ vetores e data.frames. +
- +
-<​code>​ +
-#​=============================================================================== +
-# Name           : tb.table +
-# Original author: José Cláudio Faria, Gabor Gothendievisk and Enio Jelihovschi +
-# Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02 +
-# Version ​       : v24 +
-# Aim            : To make tables of frequency distribution and associated +
-#                  histogram +
-#​=============================================================================== +
-# Arguments:​ +
-# breaks ​        : Method to determine number of classes= c('​Sturges',​ '​Scott',​ '​FD'​) +
-# by             : Variable to group +
-# end            : Last class (high value) +
-# h              : Classes extent +
-# k              : Class number +
-# right          : Intervals right open (default = FALSE) +
-# start          : First class (small value) +
-# x              : A R object (vector or data.frame) +
-# histogram ​     : Plot histogram (default = TRUE) +
-# title.histogram:​ Title of histogram c('​auto',​ '​none'​) +
-#​=============================================================================== +
- +
-# Common functions +
-tb.make.table.I <- function(x,​ +
-                            start, +
-                            end, +
-                            h, +
-                            right, +
-                            histogram,​ +
-                            titleH) +
-{ +
-  f    <- table(cut(x,​ br=seq(start,​ end, h), right=right)) # Absolut freq +
-  fr   <- f/​length(x) ​                                      # Relative freq +
-  frP  <- 100*(f/​length(x)) ​                                # Relative freq, % +
-  fac  <- cumsum(f) ​                                        # Cumulative freq +
-  facP <- 100*(cumsum(f/​length(x))) ​                        # Cumulative freq, % +
-  fi   <- round(f, 2) +
-  fr   <- round(as.numeric(fr),​ 2) +
-  frP  <- round(as.numeric(frP),​ 2) +
-  fac  <- round(as.numeric(fac),​ 2) +
-  facP <- round(as.numeric(facP),​2) +
-  res  <- data.frame(fi,​ fr, frP, fac, facP)                # Make final table +
-  names(res) <- c('​Class limits',​ '​fi',​ '​fr',​ '​fr(%)',​ '​fac',​ '​fac(%)'​) +
- +
-  # Making the histogram: With Benilton suggestions +
-  if (histogram) { +
-    hist(x, +
-         ​breaks = seq(start, end, h), +
-         ​freq ​  = T, +
-         ​right ​ = right, +
-         ​xlab ​  = 'Class limits',​ ylab='​Frequency',​ +
-         ​col ​   = '​LightYellow',​ +
-         ​main ​  = titleH, +
-         ​xlim ​  = c(start, end), ylim=c(0, max(fi)), +
-         ​las ​   = 1, +
-         ​xaxt ​  = '​n'​) +
-    axis(1, at=round(seq(start,​ end, h), 2)) +
-  } +
-  return(res) +
-} +
- +
-tb.make.table.II <- function (x, +
-                              k, +
-                              breaks=c('​Sturges',​ '​Scott',​ '​FD'​),​ +
-                              right=FALSE,​ +
-                              histogram,​ +
-                              titleH) +
-{ +
-  x <- na.omit(x) +
- +
-  # User defines only x and/or '​breaks'​ +
-  # (x, {k,​}[breaks,​ right]) +
-  if (missing(k)) { +
-    brk   <- match.arg(breaks) +
-    switch(brk,​ +
-           ​Sturges = k <- nclass.Sturges(x),​ +
-           ​Scott ​  = k <- nclass.scott(x),​ +
-           ​FD ​     = k <- nclass.FD(x)) +
-    tmp   <- range(x) +
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/​100 +
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/​100 +
-    R     <- end-start +
-    h     <- R/k +
-  } +
- +
-  # User defines '​x'​ and '​k'​ +
-  # (x, k,[breaks, right]) +
-  else { +
-    tmp   <- range(x) +
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/​100 +
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/​100 +
-    R     <- end-start +
-    h     <- R/abs(k) +
-  } +
-  tbl     <- tb.make.table.I(x,​ start, end, h, right, histogram, titleH) +
-  return(tbl) +
-} +
- +
-# With Gabor Grotendieck suggestions (thanks Gabor, very much!) +
-tb.table <- function(x, ...) UseMethod("​tb.table"​) +
- +
-# Table form vectors +
-tb.table.default <- function(x,​ +
-                             k, +
-                             ​start,​ +
-                             ​end,​ +
-                             h, +
-                             ​breaks=c('​Sturges',​ '​Scott',​ '​FD'​),​ +
-                             ​right=FALSE,​ +
-                             ​histogram=TRUE,​ +
-                             ​title.histogram=c('​auto',​ '​none'​)) +
-{ +
-  # User defines nothing or not '​x'​ isn't numeric -> stop +
-  stopifnot(is.numeric(x)) +
-  x <- na.omit(x) +
- +
-  # User defines only '​x'​ +
-  # (x, {k, start, end, h}, [breaks, right]) +
-  if (missing(k) && missing(start) && missing(end) && missing(h) ) { +
-    brk   <- match.arg(breaks) +
-    switch(brk,​ +
-           ​Sturges = k <- nclass.Sturges(x),​ +
-           ​Scott ​  = k <- nclass.scott(x),​ +
-           ​FD ​     = k <- nclass.FD(x)) +
-    tmp   <- range(x) +
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/​100 +
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/​100 +
-    R     <- end-start +
-    h     <- R/k +
-  } +
- +
-  # User defines '​x'​ and '​k'​ +
-  # (x, k, {start, end, h}, [breaks, right]) +
-  else if (missing(start) && missing(end) && missing(h)) { +
-    stopifnot(length(k) >= 1) +
-    tmp   <- range(x) +
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/​100 +
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/​100 +
-    R     <- end-start +
-    h     <- R/abs(k) +
-  } +
- +
-  # User defines '​x',​ '​start'​ and '​end'​ +
-  # (x, {k,} start, end, {h,} [breaks, right]) +
-  else if (missing(k) && missing(h)) { +
-    stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >=1) +
-    tmp <- range(x) +
-    R   <- end-start +
-    k   <- sqrt(abs(R)) +
-    if (k < 5)  k <- 5 # min value of k +
-    h   <- R/k +
-  } +
- +
-  # User defines '​x',​ '​start',​ '​end'​ and '​h'​ +
-  # (x, {k,} start, end, h, [breaks, right]) +
-  else if (missing(k)) { +
-    stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >= 1, length(h) >= 1) +
-  } +
- +
-  else stop('​Please,​ see the function sintax!'​) +
- +
-  if (histogram) { +
-    x11() +
-    par(mfrow=c(1,​ 1)) +
-    title.histogram <- match.arg(title.histogram) +
-    switch(title.histogram,​ +
-           auto = titleH <- '​x',​ +
-           none = titleH <- ''​) +
-  } +
-  tbl <- tb.make.table.I(x,​ start, end, h, right, histogram, titleH) +
-  return(tbl) +
-} +
- +
-# Table form data.frames +
-tb.table.data.frame <- function(df,​ +
-                                k, +
-                                by, +
-                                breaks=c('​Sturges',​ '​Scott',​ '​FD'​),​ +
-                                right=FALSE,​ +
-                                histogram=TRUE,​ +
-                                title.histogram=c('​auto',​ '​none'​)) +
-{ +
-  stopifnot(is.data.frame(df)) +
-  tmpList <- list() +
-  nameF   <- character() +
-  nameY   <- character() +
- +
-  # User didn't defines a factor +
-  if (missing(by)) { +
-    logCol <-  sapply(df, is.numeric) +
-    nHist  <- length(logCol[logCol]) +
-    if (histogram) { +
-      count = 0 +
-      if (nHist > 1) { +
-        x11() +
-        par(mfrow=c(4,​ 1)) +
-      } +
-    } +
-    for (i in 1:ncol(df)) { +
-      if (logCol[i]) { +
-        count  <- (count + 1) +
-        if (count == 5) { +
-          x11() +
-          par(mfrow=c(4,​ 1)) +
-          count <- 1 +
-        } +
-        title.histogram <- match.arg(title.histogram) +
-        switch(title.histogram,​ +
-               auto = titleH <- names(logCol[i]),​ +
-               none = titleH <- ''​) +
-        x       <- as.matrix(df[ ,i]) +
-        tbl     <- tb.make.table.II(x,​ k, breaks, right, histogram, titleH) +
-        tmpList <- c(tmpList, list(tbl)) +
-      } +
-    } +
-    valCol <- logCol[logCol] +
-    names(tmpList) <- names(valCol) +
-    return(tmpList) +
-  } +
- +
-  # User defines one factor +
-  else { +
-    namesdf ​  <- names(df) +
-    pos       <- which(namesdf == by) +
-    stopifnot(is.factor((df[[pos]]))) +
-    nF        <- table(df[[pos]]) +
-    logCol ​   <- sapply(df, is.numeric) +
-    nHist     <- length(logCol[logCol]) +
-    nDisGraph <- round((length(nF) * nHist) / 12)  # 12 is the maximum easily visible +
-    if (histogram) { +
-      count <- 0 +
-      x11() +
-      par(mfrow=c(4,​ 3)) +
-    } +
-    for(i in 1:​length(nF)) { +
-      tmpdf  <- subset(df, df[[pos]] == names(nF[i])) +
-      logCol <- sapply(tmpdf,​ is.numeric) +
-      for (j in 1:​ncol(tmpdf)) { +
-        if (logCol[j]) { +
-          count  <- (count + 1) +
-          if (count == 13) { +
-            x11() +
-            par(mfrow=c(4,​ 3)) +
-            count <- 1 +
-          } +
-          nameF  <- names(nF[i]) +
-          nameY  <- names(logCol[j]) +
-          nameFY <- paste(nameF,'​.',​ nameY, sep=""​) +
-          title.histogram <- match.arg(title.histogram) +
-          switch(title.histogram,​ +
-                 auto = titleH <- nameFY, +
-                 none = titleH <- ''​) +
-          x            <- as.matrix(tmpdf[ ,j]) +
-          tbl          <- tb.make.table.II(x,​ k, breaks, right, histogram, titleH) +
-          newFY        <- list(tbl) +
-          names(newFY) <- sub(' +$', '',​ nameFY) +
-          tmpList ​     <- c(tmpList, newFY) +
-        } +
-      } +
-    } +
-  } +
-  return(tmpList) +
-} +
-</​code>​ +
- +
-== Testar função tb.table == +
-O script abaixo possibilita testar e aprender a usar a função tb.table. +
- +
-<​code>​ +
-#​=============================================================================== +
-# Name           : tb.table_test +
-# Original author: Jose Cláudio Faria +
-# Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02 +
-# Version ​       : v24 +
-# Aim            : To learn how to use the function tb.table +
-#​=============================================================================== +
-# Observation ​   : Test it line by line +
-#​=============================================================================== +
-# 1.Tables +
-# 1.1. Tables from vectors +
-#​=============================================================================== +
- +
-## To debug +
-# mtrace.off() +
-# mtrace(tb.make.table.I) +
-# mtrace(tb.make.table.II) +
-# mtrace(tb.table.default) +
-# mtrace(tb.table.data.frame) +
- +
-# Make a vector +
-set.seed(1) +
-x=rnorm(150,​ 5, 1) +
- +
-tb.table(x, his=F) +
-tb.table(x) +
-tb.table(x, title.his='​none'​) +
-tb.table(x, k=10, his=T) +
- +
-#Title +
-tb.table(x, title.his='​teste'​) #error! +
-tb.table(x, title.his='​none'​) +
-tb.table(x, title.his='​auto'​) +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(x, breaks='​Sturges'​) +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(x, breaks='​St'​) +
- +
-tb.table(x, breaks='​Scott'​) +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(x, b='​Sc'​) +
- +
-tb.table(x, breaks='​FD'​) +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(x, breaks='​F'​) +
- +
-tb.table(x, breaks='​F',​ right=T) +
- +
-# Will make a error! +
-tb.table(x, breaks='​S'​) #​('​S'​turges) and ('​S'​cott) +
- +
-tb.table(x, k=4) +
- +
-tb.table(x, k=20) +
- +
-# Partial +
-tb.table(x, start=4, end=6) # Will make error! +
-tb.table(x, start=4, end=6, his=F) +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(x, s=4, e=6, his=F) +
- +
-# Partial +
-tb.table(x, start=4.5, end=5.5, his=F) +
- +
-# Partial +
-tb.table(x, start=5, end=6, h=.5, his=F) +
- +
-# Nonsense +
-tb.table(x, start=0, end=10, h=.5) +
- +
-# First and last class forced (fi=0) +
-tb.table(x, start=1, end=9, h=1) +
- +
-tb.table(x, start=1, end=10, h=2) +
- +
- +
-#​=============================================================================== +
-# 1.2. Tables from data.frames +
-#​=============================================================================== +
-# Make a data.frame +
-mdf=data.frame(X1 =rep(LETTERS[1:​4],​ 25), +
-               X2 =as.factor(rep(1:​10,​ 10)), +
-               Y1 =c(NA, NA, rnorm(96, 10, 1), NA, NA), +
-               Y2 =rnorm(100, 60, 4), +
-               Y3 =rnorm(100, 50, 4), +
-               Y4 =rnorm(100, 40, 4)) +
- +
-tb.table(mdf) +
- +
-tb.table(mdf,​ title.his='​none'​) +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(mdf,​ breaks='​Sturges'​) +
- +
-# Equal to above +
-tb.table(mdf,​ breaks='​St'​) +
- +
-tb.table(mdf,​ breaks='​Scott'​) +
- +
-tb.table(mdf,​ breaks='​FD'​) +
- +
-tb.table(mdf,​ k=4) +
- +
-tb.table(mdf,​ k=10) +
- +
-levels(mdf$X1) +
-tbl = tb.table(mdf,​ k=5, by='​X1'​) +
-length(tbl) +
-names(tbl) +
-tbl +
- +
-tb.table(mdf,​ breaks='​FD',​ by='​X1'​) +
- +
-# A '​big'​ result: X2 is a factor with 10 levels! +
-tb.table(mdf,​ breaks='​FD',​ by='​X2'​) +
- +
-tb.table(mdf,​ breaks='​FD',​ k=5, by='​X2'​) +
- +
-tb.table(iris,​ k=5) +
- +
-tb.table(iris,​ k=10) +
- +
-levels(iris$Species) +
-tbl=tb.table(iris,​ k=5, by='​Species'​) +
-length(tbl) +
-names(tbl) +
-tbl +
- +
-tb.table(iris,​ k=5, by='​Species',​ right=T) +
- +
-tb.table(iris,​ breaks='​FD',​ by='​Species'​) +
- +
-library(MASS) +
-levels(Cars93$Origin) +
-tbl=tb.table(Cars93,​ k=5, by='​Origin'​) +
-names(tbl) +
-tbl +
- +
-tb.table(Cars93,​ breaks='​FD',​ by='​Origin'​) +
-</​code>​ +
 === Superfície de resposta === === Superfície de resposta ===
 == Função plotlm3d == == Função plotlm3d ==
Linha 1208: Linha 796:
 </​code>​ </​code>​
  
-== Testar ​função plotlm3d ==+== Usando a função plotlm3d ==
 <​code>​ <​code>​
 #​=============================================================================== #​===============================================================================
 # Name           : Script to test plotlm3d # Name           : Script to test plotlm3d
 # Author ​        : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch # Author ​        : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch
-# Date (dd/​mm/​yy): ​23/7/06 07:21:23 +# Date (dd/​mm/​yy): ​2012/07/01 
-# Version ​       : v17+# Version ​       : v18
 # Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package # Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package
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Linha 1228: Linha 816:
                     groups ​       = Species,                     groups ​       = Species,
                     xlab          = '​SL',​                     xlab          = '​SL',​
-                    ylab          = 'PL', +                    ylab          = 'SW', 
-                    zlab          = 'SW',+                    zlab          = 'PL',
                     grid          = F,                     grid          = F,
                     sphere.factor = 1))                     sphere.factor = 1))
Linha 1244: Linha 832:
                     box           = T,                     box           = T,
                     xlab          = '​SL',​                     xlab          = '​SL',​
-                    ylab          = 'PL', +                    ylab          = 'SW', 
-                    zlab          = 'SW',+                    zlab          = 'PL',
                     grid          = F,                     grid          = F,
                     sphere.factor = 1))                     sphere.factor = 1))
Linha 1257: Linha 845:
                     surface ​      = T,                     surface ​      = T,
                     xlab          = '​SL',​                     xlab          = '​SL',​
-                    ylab          = 'PL', +                    ylab          = 'SW', 
-                    zlab          = 'SW',+                    zlab          = 'PL',
                     grid          = F,                     grid          = F,
                     sphere.factor = 1))                     sphere.factor = 1))
Linha 1274: Linha 862:
                      ​box ​           = F,                      ​box ​           = F,
                      ​xlab ​          = '​SL',​                      ​xlab ​          = '​SL',​
-                     ​ylab ​          = 'PL', +                     ​ylab ​          = 'SW', 
-                     ​zlab ​          = 'SW',+                     ​zlab ​          = 'PL',
                      ​grid ​          = F,                      ​grid ​          = F,
                      ​sphere.factor ​ = 1))                      ​sphere.factor ​ = 1))

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