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--- pessoais:jcfaria [2007/03/02 18:35]
jcfaria
+++ pessoais:jcfaria [2012/08/01 19:25] (atual)
jcfaria
@@ Linha 9: / Linha 9: @@
 **1. Quem sou**
-- Engenheiro Agrônomo;
+- Engenheiro Agrônomo
+- Mestrado e Doutorado em Produção Vegetal pela Universidade Federal de Viçosa - UFV/MG
-- Mestrado e Doutorado em Produção Vegetal pela Universidade Federal de Viçosa - UFV/MG.
+- Pós-doc em estatística e experimentação agronômica (ESALQ)
@@ Linha 18: / Linha 18: @@
 - Professor de estatística e pesquisador da Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC/BA;
-- Coordenador e desenvolvedor do projeto Tinn-R (GUI/editor para o ambiente R).
+- Tenho estado desenvolvendo algumas soluções computacionais voltadas para o ambiente R:
+  - Editores:
+    - Tinn-R ([[http://sourceforge.net/projects/tinn-r/]])
+    - Vim-R-plugin ([[http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=2628]])
+  - Pacotes:
+    - bpca ([[http://cran.r-project.org/web/packages/bpca/index.html]])
+    - TinnR ([[http://cran.r-project.org/web/packages/TinnR/index.html]])
+    - fdth ([[http://cran.r-project.org/web/packages/fdth/index.html]])
+    - ScottKnott ([[http://cran.r-project.org/web/packages/ScottKnott/index.html]])
+    - TukeyC ([[http://cran.r-project.org/web/packages/TukeyC/index.html]])
 **3. Sobre o R**
-- Gostaria de tê-lo encontrado desde o início de minha carreira na área de estatística computacional.
+- Gostaria de tê-lo encontrado desde o início de minha carreira na área de estatística computacional!
@@ Linha 29: / Linha 38: @@
 - Desejo aprofundar os conhecimentos em análise multivariada de dados no ambiente R;
-- Aprimorar o Tinn-R e disponibilizá-lo também para a plataforma Linux;
 - Trocar experiências com pessoas e equipes envolvidas nestas áreas.
@@ Linha 592: / Linha 599: @@
 ==== Funções úteis ====
-=== Tabelas e histogramas ===
-== Função tb.table ==
-Função simples, flexível mas poderosa para descrever, via tabela de distribuição de freqüências e histogramas, vetores e data.frames.
-<code>
-#===============================================================================
-# Name           : tb.table
-# Original author: José Cláudio Faria, Gabor Gothendievisk and Enio Jelihovschi
-# Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02
-# Version        : v24
-# Aim            : To make tables of frequency distribution and associated
-#                  histogram
-#===============================================================================
-# Arguments:
-# breaks         : Method to determine number of classes= c('Sturges', 'Scott', 'FD')
-# by             : Variable to group
-# end            : Last class (high value)
-# h              : Classes extent
-# k              : Class number
-# right          : Intervals right open (default = FALSE)
-# start          : First class (small value)
-# x              : A R object (vector or data.frame)
-# histogram      : Plot histogram (default = TRUE)
-# title.histogram: Title of histogram c('auto', 'none')
-#===============================================================================
-# Common functions
-tb.make.table.I <- function(x,
-                            start,
-                            end,
-                            h,
-                            right,
-                            histogram,
-                            titleH)
-{
-  f    <- table(cut(x, br=seq(start, end, h), right=right)) # Absolut freq
-  fr   <- f/length(x)                                       # Relative freq
-  frP  <- 100*(f/length(x))                                 # Relative freq, %
-  fac  <- cumsum(f)                                         # Cumulative freq
-  facP <- 100*(cumsum(f/length(x)))                         # Cumulative freq, %
-  fi   <- round(f, 2)
-  fr   <- round(as.numeric(fr), 2)
-  frP  <- round(as.numeric(frP), 2)
-  fac  <- round(as.numeric(fac), 2)
-  facP <- round(as.numeric(facP),2)
-  res  <- data.frame(fi, fr, frP, fac, facP)                # Make final table
-  names(res) <- c('Class limits', 'fi', 'fr', 'fr(%)', 'fac', 'fac(%)')
-  # Making the histogram: With Benilton suggestions
-  if (histogram) {
-    hist(x,
-         breaks = seq(start, end, h),
-         freq   = T,
-         right  = right,
-         xlab   = 'Class limits', ylab='Frequency',
-         col    = 'LightYellow',
-         main   = titleH,
-         xlim   = c(start, end), ylim=c(0, max(fi)),
-         las    = 1,
-         xaxt   = 'n')
-    axis(1, at=round(seq(start, end, h), 2))
-  }
-  return(res)
-}
-tb.make.table.II <- function (x,
-                              k,
-                              breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'),
-                              right=FALSE,
-                              histogram,
-                              titleH)
-{
-  x <- na.omit(x)
-  # User defines only x and/or 'breaks'
-  # (x, {k,}[breaks, right])
-  if (missing(k)) {
-    brk   <- match.arg(breaks)
-    switch(brk,
-           Sturges = k <- nclass.Sturges(x),
-           Scott   = k <- nclass.scott(x),
-           FD      = k <- nclass.FD(x))
-    tmp   <- range(x)
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
-    R     <- end-start
-    h     <- R/k
-  }
-  # User defines 'x' and 'k'
-  # (x, k,[breaks, right])
-  else {
-    tmp   <- range(x)
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
-    R     <- end-start
-    h     <- R/abs(k)
-  }
-  tbl     <- tb.make.table.I(x, start, end, h, right, histogram, titleH)
-  return(tbl)
-}
-# With Gabor Grotendieck suggestions (thanks Gabor, very much!)
-tb.table <- function(x, ...) UseMethod("tb.table")
-# Table form vectors
-tb.table.default <- function(x,
-                             k,
-                             start,
-                             end,
-                             h,
-                             breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'),
-                             right=FALSE,
-                             histogram=TRUE,
-                             title.histogram=c('auto', 'none'))
-{
-  # User defines nothing or not 'x' isn't numeric -> stop
-  stopifnot(is.numeric(x))
-  x <- na.omit(x)
-  # User defines only 'x'
-  # (x, {k, start, end, h}, [breaks, right])
-  if (missing(k) && missing(start) && missing(end) && missing(h) ) {
-    brk   <- match.arg(breaks)
-    switch(brk,
-           Sturges = k <- nclass.Sturges(x),
-           Scott   = k <- nclass.scott(x),
-           FD      = k <- nclass.FD(x))
-    tmp   <- range(x)
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
-    R     <- end-start
-    h     <- R/k
-  }
-  # User defines 'x' and 'k'
-  # (x, k, {start, end, h}, [breaks, right])
-  else if (missing(start) && missing(end) && missing(h)) {
-    stopifnot(length(k) >= 1)
-    tmp   <- range(x)
-    start <- tmp[1] - abs(tmp[2])/100
-    end   <- tmp[2] + abs(tmp[2])/100
-    R     <- end-start
-    h     <- R/abs(k)
-  }
-  # User defines 'x', 'start' and 'end'
-  # (x, {k,} start, end, {h,} [breaks, right])
-  else if (missing(k) && missing(h)) {
-    stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >=1)
-    tmp <- range(x)
-    R   <- end-start
-    k   <- sqrt(abs(R))
-    if (k < 5)  k <- 5 # min value of k
-    h   <- R/k
-  }
-  # User defines 'x', 'start', 'end' and 'h'
-  # (x, {k,} start, end, h, [breaks, right])
-  else if (missing(k)) {
-    stopifnot(length(start) >= 1, length(end) >= 1, length(h) >= 1)
-  }
-  else stop('Please, see the function sintax!')
-  if (histogram) {
-    x11()
-    par(mfrow=c(1, 1))
-    title.histogram <- match.arg(title.histogram)
-    switch(title.histogram,
-           auto = titleH <- 'x',
-           none = titleH <- '')
-  }
-  tbl <- tb.make.table.I(x, start, end, h, right, histogram, titleH)
-  return(tbl)
-}
-# Table form data.frames
-tb.table.data.frame <- function(df,
-                                k,
-                                by,
-                                breaks=c('Sturges', 'Scott', 'FD'),
-                                right=FALSE,
-                                histogram=TRUE,
-                                title.histogram=c('auto', 'none'))
-{
-  stopifnot(is.data.frame(df))
-  tmpList <- list()
-  nameF   <- character()
-  nameY   <- character()
-  # User didn't defines a factor
-  if (missing(by)) {
-    logCol <-  sapply(df, is.numeric)
-    nHist  <- length(logCol[logCol])
-    if (histogram) {
-      count = 0
-      if (nHist > 1) {
-        x11()
-        par(mfrow=c(4, 1))
-      }
-    }
-    for (i in 1:ncol(df)) {
-      if (logCol[i]) {
-        count  <- (count + 1)
-        if (count == 5) {
-          x11()
-          par(mfrow=c(4, 1))
-          count <- 1
-        }
-        title.histogram <- match.arg(title.histogram)
-        switch(title.histogram,
-               auto = titleH <- names(logCol[i]),
-               none = titleH <- '')
-        x       <- as.matrix(df[ ,i])
-        tbl     <- tb.make.table.II(x, k, breaks, right, histogram, titleH)
-        tmpList <- c(tmpList, list(tbl))
-      }
-    }
-    valCol <- logCol[logCol]
-    names(tmpList) <- names(valCol)
-    return(tmpList)
-  }
-  # User defines one factor
-  else {
-    namesdf   <- names(df)
-    pos       <- which(namesdf == by)
-    stopifnot(is.factor((df[[pos]])))
-    nF        <- table(df[[pos]])
-    logCol    <- sapply(df, is.numeric)
-    nHist     <- length(logCol[logCol])
-    nDisGraph <- round((length(nF) * nHist) / 12)  # 12 is the maximum easily visible
-    if (histogram) {
-      count <- 0
-      x11()
-      par(mfrow=c(4, 3))
-    }
-    for(i in 1:length(nF)) {
-      tmpdf  <- subset(df, df[[pos]] == names(nF[i]))
-      logCol <- sapply(tmpdf, is.numeric)
-      for (j in 1:ncol(tmpdf)) {
-        if (logCol[j]) {
-          count  <- (count + 1)
-          if (count == 13) {
-            x11()
-            par(mfrow=c(4, 3))
-            count <- 1
-          }
-          nameF  <- names(nF[i])
-          nameY  <- names(logCol[j])
-          nameFY <- paste(nameF,'.', nameY, sep="")
-          title.histogram <- match.arg(title.histogram)
-          switch(title.histogram,
-                 auto = titleH <- nameFY,
-                 none = titleH <- '')
-          x            <- as.matrix(tmpdf[ ,j])
-          tbl          <- tb.make.table.II(x, k, breaks, right, histogram, titleH)
-          newFY        <- list(tbl)
-          names(newFY) <- sub(' +$', '', nameFY)
-          tmpList      <- c(tmpList, newFY)
-        }
-      }
-    }
-  }
-  return(tmpList)
-}
-</code>
-== Testar função tb.table ==
-O script abaixo possibilita testar e aprender a usar a função tb.table.
-<code>
-#===============================================================================
-# Name           : tb.table_test
-# Original author: Jose Cláudio Faria
-# Date (dd/mm/yy): 1/3/07 11:06:02
-# Version        : v24
-# Aim            : To learn how to use the function tb.table
-#===============================================================================
-# Observation    : Test it line by line
-#===============================================================================
-# 1.Tables
-# 1.1. Tables from vectors
-#===============================================================================
-## To debug
-# mtrace.off()
-# mtrace(tb.make.table.I)
-# mtrace(tb.make.table.II)
-# mtrace(tb.table.default)
-# mtrace(tb.table.data.frame)
-# Make a vector
-set.seed(1)
-x=rnorm(150, 5, 1)
-tb.table(x, his=F)
-tb.table(x)
-tb.table(x, title.his='none')
-tb.table(x, k=10, his=T)
-#Title
-tb.table(x, title.his='teste') #error!
-tb.table(x, title.his='none')
-tb.table(x, title.his='auto')
-# Equal to above
-tb.table(x, breaks='Sturges')
-# Equal to above
-tb.table(x, breaks='St')
-tb.table(x, breaks='Scott')
-# Equal to above
-tb.table(x, b='Sc')
-tb.table(x, breaks='FD')
-# Equal to above
-tb.table(x, breaks='F')
-tb.table(x, breaks='F', right=T)
-# Will make a error!
-tb.table(x, breaks='S') #('S'turges) and ('S'cott)
-tb.table(x, k=4)
-tb.table(x, k=20)
-# Partial
-tb.table(x, start=4, end=6) # Will make error!
-tb.table(x, start=4, end=6, his=F)
-# Equal to above
-tb.table(x, s=4, e=6, his=F)
-# Partial
-tb.table(x, start=4.5, end=5.5, his=F)
-# Partial
-tb.table(x, start=5, end=6, h=.5, his=F)
-# Nonsense
-tb.table(x, start=0, end=10, h=.5)
-# First and last class forced (fi=0)
-tb.table(x, start=1, end=9, h=1)
-tb.table(x, start=1, end=10, h=2)
-#===============================================================================
-# 1.2. Tables from data.frames
-#===============================================================================
-# Make a data.frame
-mdf=data.frame(X1 =rep(LETTERS[1:4], 25),
-               X2 =as.factor(rep(1:10, 10)),
-               Y1 =c(NA, NA, rnorm(96, 10, 1), NA, NA),
-               Y2 =rnorm(100, 60, 4),
-               Y3 =rnorm(100, 50, 4),
-               Y4 =rnorm(100, 40, 4))
-tb.table(mdf)
-tb.table(mdf, title.his='none')
-# Equal to above
-tb.table(mdf, breaks='Sturges')
-# Equal to above
-tb.table(mdf, breaks='St')
-tb.table(mdf, breaks='Scott')
-tb.table(mdf, breaks='FD')
-tb.table(mdf, k=4)
-tb.table(mdf, k=10)
-levels(mdf$X1)
-tbl = tb.table(mdf, k=5, by='X1')
-length(tbl)
-names(tbl)
-tbl
-tb.table(mdf, breaks='FD', by='X1')
-# A 'big' result: X2 is a factor with 10 levels!
-tb.table(mdf, breaks='FD', by='X2')
-tb.table(mdf, breaks='FD', k=5, by='X2')
-tb.table(iris, k=5)
-tb.table(iris, k=10)
-levels(iris$Species)
-tbl=tb.table(iris, k=5, by='Species')
-length(tbl)
-names(tbl)
-tbl
-tb.table(iris, k=5, by='Species', right=T)
-tb.table(iris, breaks='FD', by='Species')
-library(MASS)
-levels(Cars93$Origin)
-tbl=tb.table(Cars93, k=5, by='Origin')
-names(tbl)
-tbl
-tb.table(Cars93, breaks='FD', by='Origin')
-</code>
 === Superfície de resposta ===
 == Função plotlm3d ==
@@ Linha 1209: / Linha 796: @@
 </code>
-== Testar função tb.table ==
+== Usando a função plotlm3d ==
 <code>
 #===============================================================================
 # Name           : Script to test plotlm3d
 # Author         : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch
-# Date (dd/mm/yy): 23/7/06 07:21:23
+# Date (dd/mm/yy): 2012/07/01
-# Version        : v17
+# Version        : v18
 # Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package
 #===============================================================================
@@ Linha 1229: / Linha 816: @@
                     groups        = Species,
                     xlab          = 'SL',
-                    ylab          = 'PL',
+                    ylab          = 'SW',
-                    zlab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
                     grid          = F,
                     sphere.factor = 1))
@@ Linha 1245: / Linha 832: @@
                     box           = T,
                     xlab          = 'SL',
-                    ylab          = 'PL',
+                    ylab          = 'SW',
-                    zlab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
                     grid          = F,
                     sphere.factor = 1))
@@ Linha 1258: / Linha 845: @@
                     surface       = T,
                     xlab          = 'SL',
-                    ylab          = 'PL',
+                    ylab          = 'SW',
-                    zlab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
                     grid          = F,
                     sphere.factor = 1))
@@ Linha 1275: / Linha 862: @@
                      box            = F,
                      xlab           = 'SL',
-                     ylab           = 'PL',
+                     ylab           = 'SW',
-                     zlab           = 'SW',
+                     zlab           = 'PL',
                      grid           = F,
                      sphere.factor  = 1))

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