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--- pessoais:jcfaria [2007/02/28 11:55]
jcfaria
+++ pessoais:jcfaria [2012/08/01 19:25] (atual)
jcfaria
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-====== Página WIKI de José Cláudio Faria ======
+====== José Cláudio Faria ======
-{{pessoais:i_in_the_beach_2007.png|}}
+{{  pessoais:i_in_the_beach_2007.png}}
-Eu na Praia do Sul de Ilhéus, em 2007, refletindo profundamente sobre o R!
+Eu na Praia do Sul de Ilhéus/BA, em janeiro de 2007, refletindo profundamente sobre estatística computacional e o R!!!
+Brincadeiras a parte...
+**1. Quem sou**
+- Engenheiro Agrônomo
+- Mestrado e Doutorado em Produção Vegetal pela Universidade Federal de Viçosa - UFV/MG
+- Pós-doc em estatística e experimentação agronômica (ESALQ)
+**2. O que tenho feito profissionalmente**
+- Professor de estatística e pesquisador da Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC/BA;
+- Tenho estado desenvolvendo algumas soluções computacionais voltadas para o ambiente R:
+  - Editores:
+    - Tinn-R ([[http://sourceforge.net/projects/tinn-r/]])
+    - Vim-R-plugin ([[http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=2628]])
+  - Pacotes:
+    - bpca ([[http://cran.r-project.org/web/packages/bpca/index.html]])
+    - TinnR ([[http://cran.r-project.org/web/packages/TinnR/index.html]])
+    - fdth ([[http://cran.r-project.org/web/packages/fdth/index.html]])
+    - ScottKnott ([[http://cran.r-project.org/web/packages/ScottKnott/index.html]])
+    - TukeyC ([[http://cran.r-project.org/web/packages/TukeyC/index.html]])
+**3. Sobre o R**
+- Gostaria de tê-lo encontrado desde o início de minha carreira na área de estatística computacional!
+**4. Sobre o futuro**
+- Desejo aprofundar os conhecimentos em análise multivariada de dados no ambiente R;
+- Trocar experiências com pessoas e equipes envolvidas nestas áreas.
 ===== Tinn-R =====
@@ Linha 17: / Linha 54: @@
     * {{pessoais:tinn-r_figure_06.png|}}
-===== Materiais didáticos sobre o R =====
+===== Materiais sobre o R =====
 ==== Scripts ====
+Todos os usuários estão automaticamente convidados a darem sugestões e alterarem contrutivamente todas as funções e scripts desta página. Solicito a gentileza de me enviar um [[joseclaudio.faria@terra.com.br | email]] comunicando as alterações.
 === Introdução ao R ===
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 }
 </code>
+==== Funções úteis ====
+=== Superfície de resposta ===
+== Função plotlm3d ==
+The simple, power and very flexible function **plotlm3d** enables you to plot 3d points and/or surfaces obtained from linear methods. It was adapted from scatter3d [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/index.html | Rcmdr package]] of John Fox and some [[ http://www.stat.wisc.edu/~deepayan | Deepayan Sarkar]] ideas.
+It requires the **rgl** package that you can download from [[http://cran.r-project.org|CRAN]].
+<code>
+#===============================================================================
+# Name           : plotlm3d
+# Original author: John Fox (scatter3d from package Rcmdr)
+# Changes        : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch
+# Date (dd/mm/yy): 12/8/06 19:44:37
+# Version        : v18
+# Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package
+#===============================================================================
+# Arguments:
+# x                 variable for horizontal axis.
+# y                 variable for out-of-screen axis.
+# z                 variable for vertical axis (response).
+# surface           plot surface(s) (TRUE or FALSE).
+# model             one or more linear model to fit ('z ~ x + y' is the default).
+# groups            if NULL (the default), no groups are defined; if a factor,
+#                   a different surface or set of surfaces is plotted for each
+#                   level of the factor; in this event, the colours in plane.col
+#                   are used successively for the points and surfaces.
+# model.by.group    if TRUE the function will adjust one model for each level
+#                   of groups; the order of the models must be the same of the
+#                   level of the.
+# model.summary     print summary or summaries of the model(s) fit (TRUE or FALSE).
+# simple.axes       whether to draw sinple axes (TRUE or FALSE).
+# box               whether to draw a box (TRUE or FALSE).
+# xlab,
+# ylab,
+# zlab              axis labels.
+# surface.col       vector of colours for regression planes, used in the order
+#                   specified by fit.
+# point.col         colour of points.
+# grid.col          colour of grid lines on the regression surface(s).
+# grid 	            plot grid lines on the regression surface(s) (TRUE or FALSE).
+# grid.lines        number of lines (default, 26) forming the grid, in each of
+#                   the x and z directions.
+# sphere.factor     relative size factor of spheres representing points; the
+#                   default size is dependent on the scale of observations.
+# threshold         if the actual size of the spheres is less than the threshold,
+#                   points are plotted instead.
+# speed             revolutions of the plot per second.
+# revolutions       number of full revolutions of the display.
+plotlm3d <- function (x, y, z,
+                      surface        = T,
+                      model          = 'z ~ x + y',
+                      groups         = NULL,
+                      model.by.group = F,
+                      model.summary  = F,
+                      simple.axes    = T,
+                      box            = F,
+                      xlab           = deparse(substitute(x)),
+                      ylab           = deparse(substitute(y)),
+                      zlab           = deparse(substitute(z)),
+                      surface.col    = c('blue', 'orange', 'red', 'green',
+                                         'magenta', 'cyan', 'yellow', 'gray', 'brown'),
+                      point.col      = 'yellow',
+                      grid.col       = material3d("color"),
+                      grid           = T,
+                      grid.lines     = 26,
+                      sphere.factor  = 1,
+                      threshold      = 0.01,
+                      speed          = 0.5,
+                      revolutions    = 0)
+{
+  require(rgl)
+  require(mgcv)
+  summaries <- list()
+  if ((!is.null(groups)) && model.by.group)
+    if (!nlevels(groups) == length(model))
+      stop('Model number is different of the number of groups')
+  if ((!is.null(groups)) && (nlevels(groups) > length(surface.col)))
+    stop('Number of groups exceeds number of colors')
+  if ((!is.null(groups)) && (!is.factor(groups)))
+    stop('groups variable must be a factor.')
+  xlab; ylab; zlab
+  valid <- if (is.null(groups))
+    complete.cases(x, y, z)
+  else
+    complete.cases(x, y, z, groups)
+  x <- x[valid]
+  y <- y[valid]
+  z <- z[valid]
+  if (!is.null(groups))
+    groups <- groups[valid]
+  levs <- levels(groups)
+  size <- max(c(x,y,z))/100 * sphere.factor
+  if (is.null(groups)) {
+    if (size > threshold)
+      spheres3d(x, y, z, color = point.col, radius = size)
+    else
+      points3d(x, y, z, color = point.col)
+  }
+  else {
+    if (size > threshold)
+      spheres3d(x, y, z, color = surface.col[as.numeric(groups)], radius = size)
+    else
+      points3d(x, y, z, color = surface.col[as.numeric(groups)])
+  }
+  aspect3d(c(1, 1, 1))
+  if (surface) {
+    xvals <- seq(min(x), max(x), length = grid.lines)
+    yvals <- seq(min(y), max(y), length = grid.lines)
+    dat  <- expand.grid(x = xvals, y = yvals)
+    for (i in 1:length(model)) {
+      if (is.null(groups)) {
+        mod <- lm(formula(model[i]))
+        if (model.summary)
+          summaries[[model[i]]] <- summary(mod)
+        zhat <- matrix(predict(mod, newdata = dat), grid.lines, grid.lines)
+        surface3d(xvals, yvals, zhat, color = surface.col[i], alpha = 0.5, lit = F)
+        if (grid)
+          surface3d(xvals, yvals, zhat, color = grid.col, alpha = 0.5,
+            lit = F, front = 'lines', back = 'lines')
+      }
+      else { # groups is not NULL
+        if (!model.by.group) {
+          for (j in 1:length(levs)) {
+            mod <- lm(formula(model[i]), subset = (groups == levs[j]))
+            if (model.summary)
+              summaries[[paste(model[i], '.', levs[j], sep = '')]] <- summary(mod)
+            zhat <- matrix(predict(mod, newdata = dat), grid.lines, grid.lines)
+            surface3d(xvals, yvals, zhat, color = surface.col[j], alpha = 0.5, lit = F)
+            if (grid)
+             surface3d(xvals, yvals, zhat, color = grid.col, alpha = 0.5,
+                lit = F, front = 'lines', back = 'lines')
+            texts3d(min(x), min(y), predict(mod, newdata = data.frame(x = min(x), y = min(y),
+              groups = levs[j])), paste(levs[j], ' '), adj = 1, color = surface.col[j])
+          }
+        }
+        else { # model.by.group is TRUE
+          mod <- lm(formula(model[i]), subset = (groups == levs[i]))
+          if (model.summary)
+            summaries[[paste(model[i], '.', levs[i], sep = '')]] <- summary(mod)
+          zhat <- matrix(predict(mod, newdata = dat), grid.lines, grid.lines)
+          surface3d(xvals, yvals, zhat, color = surface.col[i], alpha = 0.5, lit = F)
+          if (grid)
+            surface3d(xvals, yvals, zhat, color = grid.col, alpha = 0.5,
+              lit = F, front = 'lines', back = 'lines')
+          texts3d(min(x), min(y), predict(mod, newdata = data.frame(x = min(x), y = min(y),
+            groups = levs[i])), paste(levs[i], ' '), adj = 1, color = surface.col[i])
+        }
+      }
+    }
+  }
+  if(simple.axes) {
+    axes3d(c('x', 'y', 'z'))
+    title3d(xlab = xlab, ylab = ylab, zlab = zlab)
+  }
+  else
+    decorate3d(xlab = xlab, ylab = ylab, zlab = zlab, box = box)
+  if (revolutions > 0) {
+    start <- proc.time()[3]
+    startMatrix <- par3d("userMatrix")
+    while ((theta <- speed*(proc.time()[3] - start))/2/pi < revolutions) {
+      rgl.viewpoint(userMatrix = rotate3d(startMatrix, theta, 0, 0, 1))
+    }
+  }
+  if (model.summary)
+    return(summaries)
+  else
+    return(invisible(NULL))
+}
+</code>
+== Usando a função plotlm3d ==
+<code>
+#===============================================================================
+# Name           : Script to test plotlm3d
+# Author         : Jose Claudio Faria and Duncan Murdoch
+# Date (dd/mm/yy): 2012/07/01
+# Version        : v18
+# Aim            : To plot 3d scatter, an or, surfaces with rgl package
+#===============================================================================
+# mtrace(plotlm3d)
+# mtrace.off
+# Example 1
+open3d()
+rgl.bringtotop(stay = T)
+with(iris, plotlm3d(Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length,
+                    surface       = F,
+                    groups        = Species,
+                    xlab          = 'SL',
+                    ylab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
+                    grid          = F,
+                    sphere.factor = 1))
+# Example 2
+open3d()
+rgl.bringtotop(stay = T)
+with(iris, plotlm3d(Sepal.Length,Sepal.Width, Petal.Length,
+                    model         = c('z ~ x + y',
+                                      'z ~ x + y + I(x^2) + I(y^2) + I(x*y)'),
+                    surface       = T,
+                    groups        = Species,
+                    simple.axes   = F,
+                    box           = T,
+                    xlab          = 'SL',
+                    ylab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
+                    grid          = F,
+                    sphere.factor = 1))
+# Example 3
+open3d()
+rgl.bringtotop(stay = T)
+with(iris, plotlm3d(Sepal.Length,Sepal.Width, Petal.Length,
+                    model         = c('z ~ x + y',
+                                      'z ~ x + y + I(x^2) + I(y^2) + I(x*y)'),
+                    surface       = T,
+                    xlab          = 'SL',
+                    ylab          = 'SW',
+                    zlab          = 'PL',
+                    grid          = F,
+                    sphere.factor = 1))
+ # Example 4
+ open3d()
+ rgl.bringtotop(stay = T)
+ with(iris, plotlm3d(Sepal.Length, Sepal.Width, Petal.Length,
+                     model          = c('z ~ x + y',                            # to setosa
+                                        'z ~ x + y + I(x^2) + I(y^2) + I(x*y)', # to versicolor
+                                        'z ~ I(x^3) + I(y^3)'),                 # to virginica
+                     groups         = Species,
+                     model.by.group = T,
+                     simple.axes    = F,
+                     box            = F,
+                     xlab           = 'SL',
+                     ylab           = 'SW',
+                     zlab           = 'PL',
+                     grid           = F,
+                     sphere.factor  = 1))
+# Example 5: Netter
+x = c( 274,  180,  375,  205,   86,  265,   98,  330,  195,   53,
+,  372,  236,  157,  370)
+y = c(2450, 3254, 3802, 2838, 2347, 3782, 3008, 2450, 2137, 2560,
+, 4427, 2660, 2088, 2605)
+z = c( 162,  120,  223,  131,   67,  169,   81,  192,  116,   55,
+,  232,  144,  103,  212)
+mreg  = lm(z ~ x + y)
+ndata = data.frame(x = c(150, 274, 220, 370), y = c(4000, 2800, 3500, 3100))
+zpred = predict(mreg, newdata = ndata, se.fit = F)
+open3d()
+rgl.bringtotop(stay = T)
+plotlm3d(x, y, z,
+         surface = T,
+         model   = 'z ~ x + y',
+         xlab    = 'x',
+         ylab    = 'y',
+         zlab    = 'z')
+spheres3d(x = c(150, 274, 220, 370), y = c(4000, 2800, 3500, 3100), zpred,
+          col = 'red', radius = 60)
+</code>

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