Configuração e uso do LCPAD

O LCPAD - Laboratório Central de Processamento de Alto Desempenho - disponibiliza recursos computacionais na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.

O sistema disponibiliza várias máquinas com amplos recursos de processamento e de memória.

Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.

• as máquinas do LCPAD devem ser acessadas remotamente através de outras máquinas via internet
• O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso.
• o acesso deve ser feito sempre à servidora lcpad.ufpr.br
• a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando rlogin (mais detalhes abaixo)
• O acesso à servidora lcpad.ufpr.br pode ser feito por ssh (inclusive gráfico com ssh -X) via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:

  % ssh LOGIN@lcpad.ufpr.br

• Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:

  % passwd 

• uma vez acessada a servidora pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se o comando a seguir e as informações serão exibidas na tela (digite "q" para sair da página de instruções)

  % normas 

• O sistema operacional das máquinas do LCPAD é LINUX (debian). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com comandos básicos do LINUX
• É possível rodar aplicativos gráficos na servidora lcpad.ufpr.br mas não nas demais.
• Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma /home/users/est/LOGIN
• O LCPAD utiliza o interpretador de comandos ZSHELL. Para mais detalhes ver sessão SHELL abaixo.

Existem duas versões do programa R disponíveis no LCPAD

1. Uma versão disponível para acesso apenas na servidora lcpad.ufpr.br que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite:

   % R 

e para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do job com:

% R CMD BATCH seu_programa.R &
% tail -f seu_programa.Rout

1. Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do R que chamamos de Rnox. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um alias nos seu arquivo .bashrc e/ou .zshrc (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o alias já está nos arquivos copiados):

   alias Rnox="nice -n 19 /home/users/est/paulojus/R/bin/R" 
   source .bashrc
   source .zshrc

Depois disto voce pode rodar processos em qualquer máquina com:

% Rnox CMD BATCH seu_programa.R &

Usando o zshell se um processo em BATCH é iniciado com

% Rnox CMD BATCH seu_programa.R & 

Existem diferentes estratégias para contornar isto:

1. Mudar o seu shell para o bash
2. Utilizar disown ou nohup no zshel como nos exemplos a seguir (válido tanto para uso do R quanto Rnox).

:

a02% Rnox CMD BATCH ap.R  &
a02% disown %
a02% exit

a02% nohup Rnox CMD BATCH ap.R  &

No caso do Rnox esta última solução pode ser automatizada mudando o seu alias em .zshrc para:<code> alias Rnox="nice -n 19 nohup /home/users/est/paulojus/R/bin/R" source .zshrc </code> ==== SHELL ==== * O LINUX utiliza interpretadores de comandos (shell) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintaxe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles. * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o bash (born again shell) e o arquivo de configuração na área do usuário é o .bashrc * No LCPAD utiliza-se outro, o zshell e o arquivo de configuração na área do usuário é o .zshrc * na servidora principal lcpad.ufpr.,br é possível mudar o interpretador de comandos padrão com<code> % chsh </code> * nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o bash digitando-se:<code> a01% /bin/bash </code> * para fazer esta mudança parmanente e obter o bash toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo .zshrc'' o comando de mudança de shell:

/bin/bash 

• se voce não quiser se preocupar com nada destas configurações pode ainda copiar os arquivos de configuração de PJ:

  % cp ../paulojus/.zshrc .
  % cp ../paulojus/.bashrc .

Vale insistir: não deixe de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!!

% normas 

Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD.