Em português brasileiro os sistemas operacionais utilizam diferentes codificações de caracteres:

• UTF-8: No LINUX pode-se escolher a codificação desejada (na instalação ou posteriormente) mas em versões mais atuais geralmente utiliza-se como padrão na instalação.
• ISO-8859-1: O WINDOWS usa um formato próprio WINDOWS-1252 mas que é quase igual a ISO-8859-1 (também chamado de latin1).

Estas diferentes codificações podem ter efeitos sobre documentos com caracteres especiais escritos em um sistema e visualizados e ou compilados(por exemplo documentos LaTeX) em outro sistema.

No LINUX, para saber qual a codificação de caracteres está sendo usada no sistema digite na linha de comando do terminal:

locale 

1. Se voce ver na saída pt.BR é porque o sistema é ISO-8859-1
2. Se voce ver na saída pt.BR.UTF-8 é porque o sistema é UTF-8

Alguns programas e aplicativos, em especial editores de texto (por exemplo o kile) possuem opções para se escolhar a codificação de caracteres a ser utilizada.

Para converter um arquivo de um formato para outro na linha de comando do Linux pode-se usar os comandos iconv ou recode na linha de comando do terminal.

• Voce tem um arquivo exemplo1.tex digitado em um sistema ISO-8859-1 e quer converter para UTF-8 gerando o arquivo com nome exemplo1a.tex (vamos preservar o original por segurança, se vc quiser depois renomeie o arquivo)

  iconv -f ISO-8859-1 -t UTF-8 -o exemplo1a.tex exemplo1.tex 

• Voce tem um arquivo exemplo2.tex digitado em um sistema UTF-8 e quer converter para ISO-8859-1 gerando o arquivo com nome exemplo2a.tex (vamos preservar o original por segurança, se vc quiser depois renomeie o arquivo)

  iconv -f UTF-8 -t ISO-8859-1 -o exemplo2a.tex exemplo2.tex 

• De latin1 (iso-8859-1) para utf-8:

  recode l1..utf8 arquivo.csv

• De utf-8 para latin1 (iso-8859-1):

  recode utf8..l1 arquivo.csv

Uso no : o preâmbulo de seu documento deve ter:

1. para ISO-8859-1:

   \usepackage[latin1]{inputenc} 

2. para UTF-8:

   \usepackage[utf8]{inputenc}

No R há pelos menos duas formas de lidar com isto:

1. É possível fazer a conversão usando a função iconv().
2. Definir a opção padrão para uma sassão com options(): Os comandos do R a seguir podem definir o enconding desejado em uma sessão. Isto é particularmente útil gerando documentos via Sweave.

options(encoding="UTF-8") 

options(encoding="latin1")

Note que isto vai gerar o documento em um computador com certa codificação e que pode ser incompatível para compilação em outra máquina que usar um outro enconding. Neste caso é necessário usar o iconv descrito anteriormente para converter de um formato para outro antes de compilar o documento LaTeX.