Não foi possível enviar o arquivo. Será algum problema com as permissões?
Diferenças
Aqui você vê as diferenças entre duas revisões dessa página.
| Ambos lados da revisão anterior Revisão anterior Próxima revisão | Revisão anterior | ||
|
dicas:r-compila [2011/08/02 14:37] paulojus |
dicas:r-compila [2012/06/27 11:11] (atual) paulojus |
||
|---|---|---|---|
| Linha 12: | Linha 12: | ||
| Para cada plataforma/sistema operacional existem instruções específicas. | Para cada plataforma/sistema operacional existem instruções específicas. | ||
| - | A segunda forma é adequada para instalações otimizadas para sua configuração de hardware e personalizadas. | + | A segunda forma é adequada para instalações otimizadas e personalizadas. |
| - | O manual descreve os detalhes deste procedimento. | + | O manual descreve os detalhes deste procedimento. |
| Disponibilizamos aqui um {{:dicas:rpatch.zip|Script para compilar o R da fonte}} adequado para distribuições linux que utilizam o mecanismo aptitude (ou apt) como Debian, Ubuntu, Mint e similares | Disponibilizamos aqui um {{:dicas:rpatch.zip|Script para compilar o R da fonte}} adequado para distribuições linux que utilizam o mecanismo aptitude (ou apt) como Debian, Ubuntu, Mint e similares | ||
| Linha 23: | Linha 23: | ||
| $ chmod +x Rpatch.sh </code> | $ chmod +x Rpatch.sh </code> | ||
| - se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <code> | - se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <code> | ||
| - | Rver=2-13 </code> | + | Rver=2-15 </code> |
| - ver as opções com <code> | - ver as opções com <code> | ||
| $ sudo ./Rpatch.sh --help</code> | $ sudo ./Rpatch.sh --help</code> | ||
| Linha 30: | Linha 30: | ||
| Embora não exigido, também útil instalar outros pacotes do LINUX **antes** de compilar o R:<code> | Embora não exigido, também útil instalar outros pacotes do LINUX **antes** de compilar o R:<code> | ||
| - | aptitude install ncftp2 acroread ess gedit-latex-plugin gnuhtml2latex latex-beamer prosper latex2html \ | + | aptitude install ncftp acroread ess gedit-latex-plugin gnuhtml2latex latex-beamer prosper latex2html \ |
| latexdraw latex2rtf tex4ht recode gimp graphicsmagick imagemagick | latexdraw latex2rtf tex4ht recode gimp graphicsmagick imagemagick | ||
| - | aptitude install aspell-pt-br aspell-en jython jython-doc mascyma maxima maxima-doc maxima-share src2tex \ | + | aptitude install aspell-pt-br aspell-en jython jython-doc maxima maxima-doc maxima-share src2tex yacas \ |
| - | wxmaxima xmaxima sympy yacas yacas-doc axiom axiom-databases axiom-doc axiom-graphics axiom-graphics-data \ | + | wxmaxima xmaxima yacas yacas-doc open-axiom open-axiom-databases open-axiom-graphics open-axiom-graphics-data \ |
| - | axiom-hypertex axiom-hypertex-data axiom-test axiom-tex libaxiom-java python-axiom python-sympy ps2eps lilypond \ | + | open-axiom-hypertex open-axiom-hypertex-data open-axiom-test axiom-tex libaxiom-java python-axiom python-sympy ps2eps lilypond \ |
| grace writer2latex openoffice.org-writer2latex latex2rtf gnuhtml2latex jabref bibtex2html texlive-bibtex-extra \ | grace writer2latex openoffice.org-writer2latex latex2rtf gnuhtml2latex jabref bibtex2html texlive-bibtex-extra \ | ||
| ghostscript sgmltools-lite noweb dvipost chktex graphviz unrtf libxml2-dev | ghostscript sgmltools-lite noweb dvipost chktex graphviz unrtf libxml2-dev | ||
| Linha 42: | Linha 42: | ||
| libsm-dev libx11-dev libxau-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxt-dev \ | libsm-dev libx11-dev libxau-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxt-dev \ | ||
| mesa-common-dev x11proto-core-dev x11proto-input-dev x11proto-kb-dev \ | mesa-common-dev x11proto-core-dev x11proto-input-dev x11proto-kb-dev \ | ||
| - | x11proto-xext-dev xlibmesa-gl-dev xtrans-dev | + | x11proto-xext-dev xtrans-dev libtiff-opengl ivtools-dev tdl |
| </code> | </code> | ||
| + | |||
| + | == Sobre compilação e pacotes == | ||
| + | |||
| + | R-2.14.0 (and higher) comes with Luke Tierney's byte-compiler installed. Byte-compilation can speed up R computations by | ||
| + | a factor 5, although if your functions are just calls to compiled C code the speedup will be much | ||
| + | smaller. By default, only the required packages are byte-compiled. But if you set (in your bash profile) | ||
| + | |||
| + | export R_COMPILE_PKGS=1 | ||
| + | |||
| + | then all packages will byte-compile when installed. If you set | ||
| + | |||
| + | export R_ENABLE_JIT=3 | ||
| + | |||
| + | then all functions you define in your interactive or batch session will be byte-compiled the first time they | ||
| + | are entered into the workspace (and the same is true for all loops). \\ | ||
| + | It should be noted that some contributed packages have namespace problems when byte-compiled. | ||
| + | |||
| + | R-2.15.0 (i.e. R-devel) has parallel versions of Map() and mapply(). parallel makes fork or socket | ||
| + | cluster and has parallel random number generation. MPI clusters are handled (for now) by passing the | ||
| + | information to the snow package. | ||
