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dicas:r-compila [2009/12/14 23:28] paulojus criada |
dicas:r-compila [2012/06/27 11:11] (atual) paulojus |
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| Linha 5: | Linha 5: | ||
| Aqui vamos disponibilizar um ''script'' para compilação e instalação do R. | Aqui vamos disponibilizar um ''script'' para compilação e instalação do R. | ||
| - | Basicamente há dois tipos básicos de instalação: | + | Há dois tipos básicos de instalação: |
| - Instalando a partir de arquivos binários pré-compilados | - Instalando a partir de arquivos binários pré-compilados | ||
| - compilar a partir do arquivo fonte do R | - compilar a partir do arquivo fonte do R | ||
| Linha 21: | Linha 21: | ||
| $ unzip rpatch.zip </code> | $ unzip rpatch.zip </code> | ||
| - tornar o arquivo executável <code> | - tornar o arquivo executável <code> | ||
| - | $ chmod Rpatch.sh </code> | + | $ chmod +x Rpatch.sh </code> |
| - se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <code> | - se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <code> | ||
| - | Rver=2-10 </code> | + | Rver=2-15 </code> |
| - ver as opções com <code> | - ver as opções com <code> | ||
| $ sudo ./Rpatch.sh --help</code> | $ sudo ./Rpatch.sh --help</code> | ||
| - rodar com as opções desejadas, por exemplo, <code> | - rodar com as opções desejadas, por exemplo, <code> | ||
| - | $ sudo ./Rpatch --deps --install </code> | + | $ sudo ./Rpatch.sh --deps --install </code> |
| + | |||
| + | Embora não exigido, também útil instalar outros pacotes do LINUX **antes** de compilar o R:<code> | ||
| + | aptitude install ncftp acroread ess gedit-latex-plugin gnuhtml2latex latex-beamer prosper latex2html \ | ||
| + | latexdraw latex2rtf tex4ht recode gimp graphicsmagick imagemagick | ||
| + | |||
| + | aptitude install aspell-pt-br aspell-en jython jython-doc maxima maxima-doc maxima-share src2tex yacas \ | ||
| + | wxmaxima xmaxima yacas yacas-doc open-axiom open-axiom-databases open-axiom-graphics open-axiom-graphics-data \ | ||
| + | open-axiom-hypertex open-axiom-hypertex-data open-axiom-test axiom-tex libaxiom-java python-axiom python-sympy ps2eps lilypond \ | ||
| + | grace writer2latex openoffice.org-writer2latex latex2rtf gnuhtml2latex jabref bibtex2html texlive-bibtex-extra \ | ||
| + | ghostscript sgmltools-lite noweb dvipost chktex graphviz unrtf libxml2-dev | ||
| + | |||
| + | aptitude install freeglut3 freeglut3-dev libgl1-mesa-dev libglu1-mesa-dev libice-dev \ | ||
| + | libsm-dev libx11-dev libxau-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxt-dev \ | ||
| + | mesa-common-dev x11proto-core-dev x11proto-input-dev x11proto-kb-dev \ | ||
| + | x11proto-xext-dev xtrans-dev libtiff-opengl ivtools-dev tdl | ||
| + | </code> | ||
| + | |||
| + | == Sobre compilação e pacotes == | ||
| + | |||
| + | R-2.14.0 (and higher) comes with Luke Tierney's byte-compiler installed. Byte-compilation can speed up R computations by | ||
| + | a factor 5, although if your functions are just calls to compiled C code the speedup will be much | ||
| + | smaller. By default, only the required packages are byte-compiled. But if you set (in your bash profile) | ||
| + | |||
| + | export R_COMPILE_PKGS=1 | ||
| + | |||
| + | then all packages will byte-compile when installed. If you set | ||
| + | |||
| + | export R_ENABLE_JIT=3 | ||
| + | |||
| + | then all functions you define in your interactive or batch session will be byte-compiled the first time they | ||
| + | are entered into the workspace (and the same is true for all loops). \\ | ||
| + | It should be noted that some contributed packages have namespace problems when byte-compiled. | ||
| + | |||
| + | R-2.15.0 (i.e. R-devel) has parallel versions of Map() and mapply(). parallel makes fork or socket | ||
| + | cluster and has parallel random number generation. MPI clusters are handled (for now) by passing the | ||
| + | information to the snow package. | ||
