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Diferenças
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dicas:r-compila [2011/08/02 14:37] paulojus |
dicas:r-compila [2012/06/27 09:52] paulojus |
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Linha 12: | Linha 12: | ||
Para cada plataforma/sistema operacional existem instruções específicas. | Para cada plataforma/sistema operacional existem instruções específicas. | ||
- | A segunda forma é adequada para instalações otimizadas para sua configuração de hardware e personalizadas. | + | A segunda forma é adequada para instalações otimizadas e personalizadas. |
- | O manual descreve os detalhes deste procedimento. | + | O manual descreve os detalhes deste procedimento. |
Disponibilizamos aqui um {{:dicas:rpatch.zip|Script para compilar o R da fonte}} adequado para distribuições linux que utilizam o mecanismo aptitude (ou apt) como Debian, Ubuntu, Mint e similares | Disponibilizamos aqui um {{:dicas:rpatch.zip|Script para compilar o R da fonte}} adequado para distribuições linux que utilizam o mecanismo aptitude (ou apt) como Debian, Ubuntu, Mint e similares | ||
Linha 23: | Linha 23: | ||
$ chmod +x Rpatch.sh </code> | $ chmod +x Rpatch.sh </code> | ||
- se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <code> | - se necessário editar a segunda linha o arquivo para versão desejada <code> | ||
- | Rver=2-13 </code> | + | Rver=2-14 </code> |
- ver as opções com <code> | - ver as opções com <code> | ||
$ sudo ./Rpatch.sh --help</code> | $ sudo ./Rpatch.sh --help</code> | ||
Linha 42: | Linha 42: | ||
libsm-dev libx11-dev libxau-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxt-dev \ | libsm-dev libx11-dev libxau-dev libxdmcp-dev libxext-dev libxt-dev \ | ||
mesa-common-dev x11proto-core-dev x11proto-input-dev x11proto-kb-dev \ | mesa-common-dev x11proto-core-dev x11proto-input-dev x11proto-kb-dev \ | ||
- | x11proto-xext-dev xlibmesa-gl-dev xtrans-dev | + | x11proto-xext-dev xlibmesa-gl-dev xtrans-dev libtiff-opengl ivtools-dev tdl |
</code> | </code> | ||
+ | |||
+ | == Sobre compilação e pacotes == | ||
+ | |||
+ | R-2.14.0 (and higher) comes with Luke Tierney's byte-compiler installed. Byte-compilation can speed up R computations by | ||
+ | a factor 5, although if your functions are just calls to compiled C code the speedup will be much | ||
+ | smaller. By default, only the required packages are byte-compiled. But if you set (in your bash profile) | ||
+ | |||
+ | export R_COMPILE_PKGS=1 | ||
+ | |||
+ | then all packages will byte-compile when installed. If you set | ||
+ | |||
+ | export R_ENABLE_JIT=3 | ||
+ | |||
+ | then all functions you define in your interactive or batch session will be byte-compiled the first time they | ||
+ | are entered into the workspace (and the same is true for all loops). \\ | ||
+ | It should be noted that some contributed packages have namespace problems when byte-compiled. | ||
+ | |||
+ | R-2.15.0 (i.e. R-devel) has parallel versions of Map() and mapply(). parallel makes fork or socket | ||
+ | cluster and has parallel random number generation. MPI clusters are handled (for now) by passing the | ||
+ | information to the snow package. | ||