Rcitrus

Software para análise estatística de dados de incidência de doenças em plantas.

O Rcitrus é um disponibilizado na forma de um pacote (módulo adicional) para o R, que é uma linguagem e ambiente para computação estatística.

Pagina externa ao wiki: Rcitrus

Elias Teixeira Krainski - Estatístico (UFPR), Mestrando (UFMG)

Paulo Justiniano Ribeiro Jr - professor do Departamento de Estatística da UFPR

Renato Beozzo Bassanezi - pesquisador do Fundecitrus

Pacote em R para análise de dados de incidência de doenças em plantas. Seu desenvolvimento foi motivado pela necessidade de automatizar a análise estatística de dados de morte súbita dos citrus. Foram implementados alguns procedimentos para análise do padrão espacial da incidência de doenças em um talhão. Para a análise por quadrat counts, foram implementados os modelos de Poisson, binomial e beta-binomial, a lei de Taylor e dois procedimentos de seleção dos quadrats: sistemático ou aleatório. Para a análise por processos pontuais, foram adaptadas a técnica de suavização por kernel (simples e razão), a análise por vizinhos próximos e a função K de Ripley. Para a modelagem, foi implementado o modelo autologístico com inferência utilizando bootstrap via amostrador de Gibbs e o método de Monte Carlo. Também foram implementados cinco métodos para simulação de dados binários com dependência espacial em lattices regulares.

1. Leitura e escrita de dados em planilhas
2. Conversores para classes de representação espaço temporal
3. Validação de dados
4. Análise por quadrat counts
5. Análise de processos pontuais
6. Modelo autologístico
7. Simulação de dados com padrão espacial

1. R, disponível no CRAN.
2. Pacotes geoR, splancs e sp, disponíveis a partir do CRAN, em pacotes. Para instalá-los via internet diretamente da linha de comandos do R, pode-se utilizar os comandos:
   • > install.packages("geoR")
   • > install.packages("splancs")
   • > install.packages("sp")

• Instalação padrão O download e instalação diretamente na linha de comandos do R é feita com o comando:

  > install.packages("Rcitrus", contrib="http://leg.ufpr.br/Rcitrus") 

• Download dos pacotes (código fonte e/ou outros tipos de instalação)
  • Fonte: Rcitrus_0.3-1.tar.gz
  • Binário para Windows: Rcitrus_0.3-1.zip

1. Introdução ao Rcitrus html pdf
2. Trabalhando com dados de doenças de plantas em R html pdf
3. Validação de dados de Citrus em R html pdf
4. Análise descritiva de dados de doenças de plantas com o Rcitrus html pdf
5. Análise por quadrat counts em R html pdf
6. Análise de processos pontuais em dados de Citrus html pdf
7. Modelo autologístico html pdf
8. Simulação de dados de doenças em plantas html pdf

O Rcitrus foi desenvolvido no Laboratório de Estatística e Geoinformação (LEG), da Universidade Federal do Paraná.
O desenvolvimento foi parcialmente financiado pelo Fundo de Defesa da Citricultura (FUNDECITRUS).