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Diferenças

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dicas:lcpad [2009/04/16 10:17]
paulojus
dicas:lcpad [2015/06/12 16:05] (atual)
paulojus [Uso do R no LCPAD]
Linha 1: Linha 1:
 ====== Configuração e uso do LCPAD ====== ====== Configuração e uso do LCPAD ======
  
-O LCPAD é o cluster que disponibiliza recursos computacionais ​para computação ​na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.+O LCPAD - Laboratório Central de Processamento de Alto Desempenho -  
 +disponibiliza recursos computacionais na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.
  
-O sistema disponibiliza várias máquinas com muito recurso ​de processamento e de memória.+O sistema disponibiliza várias máquinas com amplos recursos  ​de processamento e de memória.
  
 ==== Conta no LCPAD ==== ==== Conta no LCPAD ====
-Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.+Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. ​ 
 +No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.
  
 ==== Acesso ==== ==== Acesso ====
Linha 17: Linha 19:
   * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<​code>​   * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<​code>​
 % passwd </​code>​ % passwd </​code>​
-  * uma vez acessada pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se<​code>​+  * uma vez acessada ​a servidora ​pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se ​o comando a seguir e as informações serão exibidas na tela (digite ''"​q"''​ para sair da página de instruções)<​code>​
 % normas </​code>​ % normas </​code>​
  
Linha 24: Linha 26:
   * É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ''​lcpad.ufpr.br''​ mas não nas demais.   * É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ''​lcpad.ufpr.br''​ mas não nas demais.
   * Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma ''/​home/​users/​est/​LOGIN''​   * Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma ''/​home/​users/​est/​LOGIN''​
-  * O LINUX utiliza ''​interpretadores de comandos''​ (//shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintexe ​dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.+  ​* O LCPAD utiliza o interpretador de comandos //Z-shell (/​bin/​zsh)//​. Para mais detalhes [[lcpad#​shell|ver sessão SHELL]] abaixo. 
 +   
 +//​Sugestão://​ 
 +  * usar a servidora ''​lcpad.ufpr.br''​ para sessões interativas e/ou ''​jobs''​ rápidos 
 +  * usar as demais para ''​jobs''​ mais longos e/ou múltiplos ''​jobs''​ 
 +  * Existem diversas máquinas adicionais (ver saida do comando ''​normas''​) tais como ''​a01-a10'',​ ''​h01-h04'',​ ''​o01-o03''​ (**dentre outras**).  
 +  * para ver a lista de máquinas disponíveis digite em ''​lcpad'':<​code>​ 
 +lcpad % carga 
 +</​code>​ 
 +  * para acessar uma delas use o ''​rlogin''<​code>​ 
 +lcpad % rlogin bl03 
 +bl03 % 
 +</​code>​ 
 + 
 +Note que o ''​rlogin''​ funciona mas é um link para ''​ssh''​. 
 + 
 +==== Uso do R no LCPAD ==== 
 + 
 +Existem duas versões do programa ''​R''​ disponíveis no LCPAD 
 +  - Uma versão disponível para acesso **apenas na servidora ''​lcpad.ufpr.br''​** que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite:<​code>​ 
 +% /​home/​users/​est/​paulojus/​R/​bin/​R </​code>​ 
 +Voce pode (e deve) crirar um //alias// para o comando acima no sistema<​code>​ 
 +% alias R='/​home/​users/​est/​paulojus/​R/​bin/​R'​ 
 +</​code>​ 
 + 
 +Para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do //job// com:<​code>​ 
 +% R CMD BATCH seu_programa.R & 
 +% tail -f seu_programa.Rout 
 +</​code>​  
 +  - Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do ''​R''​ que chamamos de ''​Rnox''​. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um //alias// nos seu arquivo ''​.bashrc''​ e/ou ''​.zshrc''​ (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o //alias// já está nos arquivos copiados): <​code>​ 
 +alias Rnox="​nice -n 19 /​home/​users/​est/​paulojus/​Rnox/​bin/​R"​  
 +source .bashrc 
 +source .zshrc 
 +</​code>​ 
 +Depois disto voce pode rodar processos **em qualquer máquina ** com:  
 +<​code>​ 
 +% Rnox CMD BATCH seu_programa.R & 
 +</​code>​  
 + 
 + 
 +==== Processos, logout, interrupções,​ etc ==== 
 + 
 +**Usando o Z-shell (zsh)** se um processo em BATCH é iniciado com <​code>​ 
 +% Rnox CMD BATCH seu_programa.R & </​code>​ 
 +ele será interrompido caso se voce se deslogar da máquina. 
 + 
 +Existem diferentes estratégias para contornar isto: 
 +  - Mudar o seu //shell// para o ''​bash''​ ([[lcpad#​shell|ver sessão SHELL]] abaixo) 
 +  - Utilizar ''​disown''​ ou ''​nohup''​ no //Z-shell// como nos exemplos a seguir (válido tanto para uso do ''​R''​ quanto ''​Rnox''​)<​code>​ 
 +a02% Rnox CMD BATCH ap.R  & 
 +a02% disown % 
 +a02% exit 
 +</​code>​ 
 +e o //job// continua. Ou então:<​code>​ 
 +a02% nohup Rnox CMD BATCH ap.R  & 
 +</​code>​ 
 + 
 +No caso do ''​Rnox''​ esta última solução pode ser //​automatizada//​ mudando o seu //​alias// ​ em ''​.zshrc''​ para:<​code>​ 
 +alias Rnox="​nice -n 19 nohup /​home/​users/​est/​paulojus/​Rnox/​bin/​R"​  
 +source .zshrc 
 +</​code>​ 
 + 
 +==== SHELL ==== 
 +  ​* O LINUX utiliza ''​interpretadores de comandos''​ (chamados de //shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintaxe ​dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.
     * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o ''​bash''​ (//born again shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''​.bashrc''​     * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o ''​bash''​ (//born again shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''​.bashrc''​
-    * No LCPAD utiliza-se outro, o ''​zshell''​ e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''​.zshrc''​+    * No LCPAD utiliza-se outro, o ''​zsh'' ​(//​Z-shell//​) ​e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''​.zshrc''​
       * na servidora principal ''​lcpad.ufpr.,​br''​ é possível mudar o interpretador de comandos padrão com<​code>​       * na servidora principal ''​lcpad.ufpr.,​br''​ é possível mudar o interpretador de comandos padrão com<​code>​
 % chsh </​code>​ % chsh </​code>​
       *  nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o ''​bash''​ digitando-se:<​code>​       *  nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o ''​bash''​ digitando-se:<​code>​
-a01% /bin/bash </​code>​+a01% /​bin/​bash ​</​code>​ E para retornar ao ''​zsh''​ basta digitar <​code>​ 
 +a01% /bin/zsh</​code>​
       * para fazer esta mudança parmanente e obter o ''​bash''​ toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo ''​.zshrc''​ o comando de mudança de shell: <​code>​       * para fazer esta mudança parmanente e obter o ''​bash''​ toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo ''​.zshrc''​ o comando de mudança de shell: <​code>​
 /bin/bash </​code>​ /bin/bash </​code>​
Linha 39: Linha 105:
  
  
 +==== Acompanhando seus processo ====
 +  - No ''​R''​ sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''​print()''​ (por exmeplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com <​code>​
 +% tail -f seu_programa.Rout
 +</​code>​
 +  - Numa náuqina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <​code>​
 +% ps -u SEU_LOGIN ​
 +% top
 +</​code>​
 +  - O LCPAD disponibiliza ainda comandos para acompanha processos:<​code>​
 +% carga
 +% carga -u 
 +% carga -U 
 +% carga -j 
 +</​code>​
 +  * A primeira forma mostra o //load// das máquinas. (útil para escolher em qual máquina está menos carregada submeter o próximo //job//),
 +  * a segunda mostra o número total de processos que o usuário está rodando em cada máquina,
 +  * a terceira mostra o número de processos do usuário que efetivamente consomem cpu. 
 +  * a quarta sintaxe mostra o nome dos programas daquele usuário rodando em cada máquina.
 +
 +==== Finalmente .... ====
 +Vale insistir: não deixe  de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!!<​code>​
 +% normas </​code>​
 +
 +
 +==== Agradecimento ====
 +Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD.
  
  

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