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paulojus criada
dicas:lcpad [2015/06/12 16:05] (atual)
paulojus [Uso do R no LCPAD]
Linha 1: Linha 1:
-<del>====== Configuração e uso do LCPAD ======+====== Configuração e uso do LCPAD ======
  
-O LCPAD é o cluster que disponibiliza recursos computacionais ​para computação ​na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.+O LCPAD - Laboratório Central de Processamento de Alto Desempenho -  
 +disponibiliza recursos computacionais na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.
  
-O sistema disponibiliza várias máquinas com muito recurso ​de processamento e de memória.+O sistema disponibiliza várias máquinas com amplos recursos  ​de processamento e de memória.
  
 ==== Conta no LCPAD ==== ==== Conta no LCPAD ====
-Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.+Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. ​ 
 +No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.
  
-==== Acesso ​inicial ​==== +==== Acesso ==== 
-  ​**Acesso:​** +  * as máquinas do LCPAD devem ser acessadas remotamente através de outras máquinas via internet 
-    - as máquinas do LCPAD devem ser acessadas remotamente através de outras máquinas via internet +  ​* ​O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. 
-    ​- ​O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. +  ​* ​o acesso deve ser feito sempre à servidora ''​lcpad.ufpr.br''​  
-    ​- ​o acesso deve ser feito sempre à servidora ''​lcpad.ufpr.br''​  +  ​* ​a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando ''​rlogin''​ (mais detalhes abaixo) 
-    ​- ​a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando ''​rlogin''​ (mais detalhes abaixo) +  ​* ​O acesso à servidora ​ ''​lcpad.ufpr.br''​ pode ser feito por ''​ssh''​ (inclusive gráfico com ''​ssh -X''​) via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<​code>​
-    ​- ​O acesso à servidora ​ ''​lcpad.ufpr.br''​ pode ser feito por ''​ssh''​ (inclusive gráfico com ''​ssh -X''​) via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<​code>​+
 % ssh LOGIN@lcpad.ufpr.br</​code>​ % ssh LOGIN@lcpad.ufpr.br</​code>​
-    - Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<​code>​+  * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<​code>​
 % passwd </​code>​ % passwd </​code>​
-    - uma vez acessada pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se<​code>​+  * uma vez acessada ​a servidora ​pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se ​o comando a seguir e as informações serão exibidas na tela (digite ''"​q"''​ para sair da página de instruções)<​code>​
 % normas </​code>​ % normas </​code>​
 +
 +==== Uso ====
 +  * O sistema operacional das máquinas do LCPAD é LINUX (debian). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http://​www.leg.ufpr.br/​~paulojus/​restrito/​dicas/​node2.html|comandos básicos do LINUX]]
 +  * É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ''​lcpad.ufpr.br''​ mas não nas demais.
 +  * Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma ''/​home/​users/​est/​LOGIN''​
 +  * O LCPAD utiliza o interpretador de comandos //Z-shell (/​bin/​zsh)//​. Para mais detalhes [[lcpad#​shell|ver sessão SHELL]] abaixo.
 +  ​
 +//​Sugestão://​
 +  * usar a servidora ''​lcpad.ufpr.br''​ para sessões interativas e/ou ''​jobs''​ rápidos
 +  * usar as demais para ''​jobs''​ mais longos e/ou múltiplos ''​jobs''​
 +  * Existem diversas máquinas adicionais (ver saida do comando ''​normas''​) tais como ''​a01-a10'',​ ''​h01-h04'',​ ''​o01-o03''​ (**dentre outras**). ​
 +  * para ver a lista de máquinas disponíveis digite em ''​lcpad'':<​code>​
 +lcpad % carga
 +</​code>​
 +  * para acessar uma delas use o ''​rlogin''<​code>​
 +lcpad % rlogin bl03
 +bl03 %
 +</​code>​
 +
 +Note que o ''​rlogin''​ funciona mas é um link para ''​ssh''​.
 +
 +==== Uso do R no LCPAD ====
 +
 +Existem duas versões do programa ''​R''​ disponíveis no LCPAD
 +  - Uma versão disponível para acesso **apenas na servidora ''​lcpad.ufpr.br''​** que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite:<​code>​
 +% /​home/​users/​est/​paulojus/​R/​bin/​R </​code>​
 +Voce pode (e deve) crirar um //alias// para o comando acima no sistema<​code>​
 +% alias R='/​home/​users/​est/​paulojus/​R/​bin/​R'​
 +</​code>​
 +
 +Para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do //job// com:<​code>​
 +% R CMD BATCH seu_programa.R &
 +% tail -f seu_programa.Rout
 +</​code> ​
 +  - Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do ''​R''​ que chamamos de ''​Rnox''​. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um //alias// nos seu arquivo ''​.bashrc''​ e/ou ''​.zshrc''​ (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o //alias// já está nos arquivos copiados): <​code>​
 +alias Rnox="​nice -n 19 /​home/​users/​est/​paulojus/​Rnox/​bin/​R" ​
 +source .bashrc
 +source .zshrc
 +</​code>​
 +Depois disto voce pode rodar processos **em qualquer máquina ** com: 
 +<​code>​
 +% Rnox CMD BATCH seu_programa.R &
 +</​code> ​
 +
 +
 +==== Processos, logout, interrupções,​ etc ====
 +
 +**Usando o Z-shell (zsh)** se um processo em BATCH é iniciado com <​code>​
 +% Rnox CMD BATCH seu_programa.R & </​code>​
 +ele será interrompido caso se voce se deslogar da máquina.
 +
 +Existem diferentes estratégias para contornar isto:
 +  - Mudar o seu //shell// para o ''​bash''​ ([[lcpad#​shell|ver sessão SHELL]] abaixo)
 +  - Utilizar ''​disown''​ ou ''​nohup''​ no //Z-shell// como nos exemplos a seguir (válido tanto para uso do ''​R''​ quanto ''​Rnox''​)<​code>​
 +a02% Rnox CMD BATCH ap.R  &
 +a02% disown %
 +a02% exit
 +</​code>​
 +e o //job// continua. Ou então:<​code>​
 +a02% nohup Rnox CMD BATCH ap.R  &
 +</​code>​
 +
 +No caso do ''​Rnox''​ esta última solução pode ser //​automatizada//​ mudando o seu //​alias// ​ em ''​.zshrc''​ para:<​code>​
 +alias Rnox="​nice -n 19 nohup /​home/​users/​est/​paulojus/​Rnox/​bin/​R" ​
 +source .zshrc
 +</​code>​
 +
 +==== SHELL ====
 +  * O LINUX utiliza ''​interpretadores de comandos''​ (chamados de //shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintaxe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.
 +    * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o ''​bash''​ (//born again shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''​.bashrc''​
 +    * No LCPAD utiliza-se outro, o ''​zsh''​ (//​Z-shell//​) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''​.zshrc''​
 +      * na servidora principal ''​lcpad.ufpr.,​br''​ é possível mudar o interpretador de comandos padrão com<​code>​
 +% chsh </​code>​
 +      *  nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o ''​bash''​ digitando-se:<​code>​
 +a01% /bin/bash </​code>​ E para retornar ao ''​zsh''​ basta digitar <​code>​
 +a01% /​bin/​zsh</​code>​
 +      * para fazer esta mudança parmanente e obter o ''​bash''​ toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo ''​.zshrc''​ o comando de mudança de shell: <​code>​
 +/bin/bash </​code>​
 +  * se voce não quiser se preocupar com nada destas configurações pode ainda copiar os arquivos de configuração de PJ:<​code>​
 +% cp ../​paulojus/​.zshrc .
 +% cp ../​paulojus/​.bashrc .
 +</​code>​
 +
 +
 +==== Acompanhando seus processo ====
 +  - No ''​R''​ sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''​print()''​ (por exmeplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com <​code>​
 +% tail -f seu_programa.Rout
 +</​code>​
 +  - Numa náuqina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <​code>​
 +% ps -u SEU_LOGIN ​
 +% top
 +</​code>​
 +  - O LCPAD disponibiliza ainda comandos para acompanha processos:<​code>​
 +% carga
 +% carga -u 
 +% carga -U 
 +% carga -j 
 +</​code>​
 +  * A primeira forma mostra o //load// das máquinas. (útil para escolher em qual máquina está menos carregada submeter o próximo //job//),
 +  * a segunda mostra o número total de processos que o usuário está rodando em cada máquina,
 +  * a terceira mostra o número de processos do usuário que efetivamente consomem cpu. 
 +  * a quarta sintaxe mostra o nome dos programas daquele usuário rodando em cada máquina.
 +
 +==== Finalmente .... ====
 +Vale insistir: não deixe  de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!!<​code>​
 +% normas </​code>​
 +
 +
 +==== Agradecimento ====
 +Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD.
  
  

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