Configuração e uso do LCPAD

O LCPAD - Laboratório Central de Processamento de Alto Desempenho - disponibiliza recursos computacionais na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.

O sistema disponibiliza várias máquinas com amplos recursos de processamento e de memória.

Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ.

• as máquinas do LCPAD devem ser acessadas remotamente através de outras máquinas via internet
• O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso.
• o acesso deve ser feito sempre à servidora lcpad.ufpr.br
• a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando rlogin (mais detalhes abaixo)
• O acesso à servidora lcpad.ufpr.br pode ser feito por ssh (inclusive gráfico com ssh -X) via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:

  % ssh LOGIN@lcpad.ufpr.br

• Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:

  % passwd 

• uma vez acessada a servidora pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se o comando a seguir e as informações serão exibidas na tela (digite "q" para sair da página de instruções)

  % normas 

• O sistema operacional das máquinas do LCPAD é LINUX (debian). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com comandos básicos do LINUX
• É possível rodar aplicativos gráficos na servidora lcpad.ufpr.br mas não nas demais.
• Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma /home/users/est/LOGIN
• O LCPAD utiliza o interpretador de comandos Z-shell (/bin/zsh). Para mais detalhes ver sessão SHELL abaixo.

Sugestão:

• usar a servidora lcpad.ufpr.br para sessões interativas e/ou jobs rápidos
• usar as demais para jobs mais longos e/ou múltiplos jobs
• Existem diversas máquinas adicionais (ver saida do comando normas) tais como a01-a10, h01-h04, o01-o03 (dentre outras).
• para ver a lista de máquinas disponíveis digite em lcpad:

  lcpad % carga

• para acessar uma delas use o rlogin

  lcpad % rlogin bl03
  bl03 %

Note que o rlogin funciona mas é um link para ssh.

Existem duas versões do programa R disponíveis no LCPAD

1. Uma versão disponível para acesso apenas na servidora lcpad.ufpr.br que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite:

   % /home/users/est/paulojus/R/bin/R 

Voce pode (e deve) crirar um alias para o comando acima no sistema

% alias R='/home/users/est/paulojus/R/bin/R'

Para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do job com:

% R CMD BATCH seu_programa.R &
% tail -f seu_programa.Rout

1. Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do R que chamamos de Rnox. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um alias nos seu arquivo .bashrc e/ou .zshrc (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o alias já está nos arquivos copiados):

   alias Rnox="nice -n 19 /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R" 
   source .bashrc
   source .zshrc

Depois disto voce pode rodar processos em qualquer máquina com:

% Rnox CMD BATCH seu_programa.R &

Usando o Z-shell (zsh) se um processo em BATCH é iniciado com

% Rnox CMD BATCH seu_programa.R & 

Existem diferentes estratégias para contornar isto:

1. Mudar o seu shell para o bash (ver sessão SHELL abaixo)
2. Utilizar disown ou nohup no Z-shell como nos exemplos a seguir (válido tanto para uso do R quanto Rnox)

   a02% Rnox CMD BATCH ap.R  &
   a02% disown %
   a02% exit

e o job continua. Ou então:

a02% nohup Rnox CMD BATCH ap.R  &

No caso do Rnox esta última solução pode ser automatizada mudando o seu alias em .zshrc para:

alias Rnox="nice -n 19 nohup /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R" 
source .zshrc

• O LINUX utiliza interpretadores de comandos (chamados de shell) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintaxe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles.
  • O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o bash (born again shell) e o arquivo de configuração na área do usuário é o .bashrc
  • No LCPAD utiliza-se outro, o zsh (Z-shell) e o arquivo de configuração na área do usuário é o .zshrc
    • na servidora principal lcpad.ufpr.,br é possível mudar o interpretador de comandos padrão com

      % chsh 

    • nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o bash digitando-se:

      a01% /bin/bash 

      E para retornar ao zsh basta digitar

      a01% /bin/zsh

    • para fazer esta mudança parmanente e obter o bash toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo .zshrc o comando de mudança de shell:

      /bin/bash 

• se voce não quiser se preocupar com nada destas configurações pode ainda copiar os arquivos de configuração de PJ:

  % cp ../paulojus/.zshrc .
  % cp ../paulojus/.bashrc .

1. No R sugere-se sempre colocar no seu programa comandos print() (por exmeplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com

   % tail -f seu_programa.Rout

2. Numa náuqina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux:

   % ps -u SEU_LOGIN 
   % top

3. O LCPAD disponibiliza ainda comandos para acompanha processos:

   % carga
   % carga -u 
   % carga -U 
   % carga -j 

• A primeira forma mostra o load das máquinas. (útil para escolher em qual máquina está menos carregada submeter o próximo job),
• a segunda mostra o número total de processos que o usuário está rodando em cada máquina,
• a terceira mostra o número de processos do usuário que efetivamente consomem cpu.
• a quarta sintaxe mostra o nome dos programas daquele usuário rodando em cada máquina.

Vale insistir: não deixe de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!!

% normas 

Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD.