====== Configuração e uso do LCPAD ====== O LCPAD - Laboratório Central de Processamento de Alto Desempenho - disponibiliza recursos computacionais na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc. O sistema disponibiliza várias máquinas com amplos recursos de processamento e de memória. ==== Conta no LCPAD ==== Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. No LEG alguns usuários utilizam o LCPAD vinculados a um projeto de PJ. ==== Acesso ==== * as máquinas do LCPAD devem ser acessadas remotamente através de outras máquinas via internet * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso. * o acesso deve ser feito sempre à servidora ''lcpad.ufpr.br'' * a partir desta servidora é possível acessar as demais máquinas do LCPAD via o comando ''rlogin'' (mais detalhes abaixo) * O acesso à servidora ''lcpad.ufpr.br'' pode ser feito por ''ssh'' (inclusive gráfico com ''ssh -X'') via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com: % ssh LOGIN@lcpad.ufpr.br * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando: % passwd * uma vez acessada a servidora pode-se obter instruções e informações sobre os recursos disponíveis digitando-se o comando a seguir e as informações serão exibidas na tela (digite ''"q"'' para sair da página de instruções) % normas ==== Uso ==== * O sistema operacional das máquinas do LCPAD é LINUX (debian). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/restrito/dicas/node2.html|comandos básicos do LINUX]] * É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ''lcpad.ufpr.br'' mas não nas demais. * Todas as servidoras utilizam uma área de usuário (conta) comum. A área dos usuários da estatística é sempre da forma ''/home/users/est/LOGIN'' * O LCPAD utiliza o interpretador de comandos //Z-shell (/bin/zsh)//. Para mais detalhes [[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo. //Sugestão:// * usar a servidora ''lcpad.ufpr.br'' para sessões interativas e/ou ''jobs'' rápidos * usar as demais para ''jobs'' mais longos e/ou múltiplos ''jobs'' * Existem diversas máquinas adicionais (ver saida do comando ''normas'') tais como ''a01-a10'', ''h01-h04'', ''o01-o03'' (**dentre outras**). * para ver a lista de máquinas disponíveis digite em ''lcpad'': lcpad % carga * para acessar uma delas use o ''rlogin'' lcpad % rlogin bl03 bl03 % Note que o ''rlogin'' funciona mas é um link para ''ssh''. ==== Uso do R no LCPAD ==== Existem duas versões do programa ''R'' disponíveis no LCPAD - Uma versão disponível para acesso **apenas na servidora ''lcpad.ufpr.br''** que pode ser usada inclusive interativamente e graficamente. Para iniciar esta versão do R em modo interativo digite: % /home/users/est/paulojus/R/bin/R Voce pode (e deve) crirar um //alias// para o comando acima no sistema % alias R='/home/users/est/paulojus/R/bin/R' Para modo BATCH o comando usual e acompanha o andamento do //job// com: % R CMD BATCH seu_programa.R & % tail -f seu_programa.Rout - Nas demais máquinas do LCPAD não é possivel utilizar o R gráfico e foi compilada uma versão sem suporte gráfico do ''R'' que chamamos de ''Rnox''. Par usar esta versão voce deve primeiro criar um //alias// nos seu arquivo ''.bashrc'' e/ou ''.zshrc'' (se voce copiou estes arquivos da conta de PJ isto não é necessário pois o //alias// já está nos arquivos copiados): alias Rnox="nice -n 19 /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R" source .bashrc source .zshrc Depois disto voce pode rodar processos **em qualquer máquina ** com: % Rnox CMD BATCH seu_programa.R & ==== Processos, logout, interrupções, etc ==== **Usando o Z-shell (zsh)** se um processo em BATCH é iniciado com % Rnox CMD BATCH seu_programa.R & ele será interrompido caso se voce se deslogar da máquina. Existem diferentes estratégias para contornar isto: - Mudar o seu //shell// para o ''bash'' ([[lcpad#shell|ver sessão SHELL]] abaixo) - Utilizar ''disown'' ou ''nohup'' no //Z-shell// como nos exemplos a seguir (válido tanto para uso do ''R'' quanto ''Rnox'') a02% Rnox CMD BATCH ap.R & a02% disown % a02% exit e o //job// continua. Ou então: a02% nohup Rnox CMD BATCH ap.R & No caso do ''Rnox'' esta última solução pode ser //automatizada// mudando o seu //alias// em ''.zshrc'' para: alias Rnox="nice -n 19 nohup /home/users/est/paulojus/Rnox/bin/R" source .zshrc ==== SHELL ==== * O LINUX utiliza ''interpretadores de comandos'' (chamados de //shell//) no terminal para executar as instruções dos usuários. Existem diversos interpretadores de comandos que são muito semelhantes na sintaxe dos comandos mas possuem algumas diferenças entes eles. * O interpretador de comandos talvez mais comum (usado no LEG e instalação padrão de LINUX tais como debian e Ubuntu) é o ''bash'' (//born again shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.bashrc'' * No LCPAD utiliza-se outro, o ''zsh'' (//Z-shell//) e o arquivo de configuração na área do usuário é o ''.zshrc'' * na servidora principal ''lcpad.ufpr.,br'' é possível mudar o interpretador de comandos padrão com % chsh * nas demais servidoras este comando não pode ser utilizado, mas pode-se trocar o interpretador de comando para o ''bash'' digitando-se: a01% /bin/bash E para retornar ao ''zsh'' basta digitar a01% /bin/zsh * para fazer esta mudança parmanente e obter o ''bash'' toda vez que acessar as máquinas voce pode colocar na ultima linha do seu arquivo ''.zshrc'' o comando de mudança de shell: /bin/bash * se voce não quiser se preocupar com nada destas configurações pode ainda copiar os arquivos de configuração de PJ: % cp ../paulojus/.zshrc . % cp ../paulojus/.bashrc . ==== Acompanhando seus processo ==== - No ''R'' sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''print()'' (por exmeplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com % tail -f seu_programa.Rout - Numa náuqina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: % ps -u SEU_LOGIN % top - O LCPAD disponibiliza ainda comandos para acompanha processos: % carga % carga -u % carga -U % carga -j * A primeira forma mostra o //load// das máquinas. (útil para escolher em qual máquina está menos carregada submeter o próximo //job//), * a segunda mostra o número total de processos que o usuário está rodando em cada máquina, * a terceira mostra o número de processos do usuário que efetivamente consomem cpu. * a quarta sintaxe mostra o nome dos programas daquele usuário rodando em cada máquina. ==== Finalmente .... ==== Vale insistir: não deixe de digitar na servidora o comando abaixo para ter mais informações sobre recursos e uso do sistema!!! % normas ==== Agradecimento ==== Agradecemos ao Prof. Carlos Carvalho (Depto de Física) o apoio, instruções e soluções para uso do LCPAD.