====== Configuração e uso do CCAD para usuários do LEG ======

O CCAD - Centro de Computação de Alto Desempenho - 
disponibiliza recursos computacionais na UFPR em particular para procedimentos intensos com simulações etc.

O sistema disponibiliza várias máquinas com amplos recursos  de processamento e de memória.

Este é um sistema alternativo a outro existente na UFPR, o [[dicas:lcpad|LCPAD]] com algums configurações e filosofias de uso diferentes.

**O CCAD procura estimular/incentivar o uso de programas que rodem em paralelo!!**

Informações detalhadas na **[[http://www.ccad.ufpr.br|Página do CCAD]]**

==== Conta no CCAD ====
Para ter conta é necessário solicitar e o trabalho deve estar vinculado a um projeto cadastrado. 
No LEG alguns usuários utilizam o CCAD vinculados a um projeto de PJ.

==== Acesso ====
  * as máquinas do CCAD devem ser acessadas remotamente através de outras máquinas via internet (ssh por exemplo)
  * O usuário cadastrado receberá email com login e senha de acesso.
  * o acesso deve ser feito sempre à servidora ''ccad.ufpr.br'' 
  * O acesso à servidora  ''ccad.ufpr.br'' pode ser feito por ''ssh'' (inclusive gráfico com ''ssh -X'') via programa gráfico de ssh (putty, etc) ou linha de comando com:<code>
$ ssh LOGIN@ccad.ufpr.br</code>
  * ssh só é possível a partir de máquinas na UFPR. Se estiver acessando de fora acesse primeiro uma servidora da UFPR (do leg por exemplo) e dela acesse o CCAD
  * Recomenda-se trocar a senha no primeiro uso com o comando:<code>
ccad:~> passwd </code>
==== Uso ====
  * O sistema operacional das máquinas do CCAD é LINUX (SuSe). É portanto recomandado que usuários estejam familiarizados com [[http://www.leg.ufpr.br/~paulojus/restrito/dicas/node2.html|comandos básicos do LINUX]]
  * É possível rodar aplicativos gráficos na servidora ''ccad.ufpr.br''.

==== Uso do R no CCAD ====

=== Rodando o R ===

**IMPORTANTE:**\\
Para rodar o R (em formato interativo sou submetendo jobs) o primeiro passo é digitar:<code>
ccad:~> module load mod_R </code>

Se voce é um usuário regular do R este comando de carregar o modulo  pode ser colocado em seu ''.bashrc'' para que seja rodado automaticamente sempre que voce acessar o CCAD.

No momento o modulo do R faz duas coisas:
  - define o diretório do executável do R no seu ''PATH''
  - define o camilho de procura de bibliotecas adicionais do R na conta da ''paulojus'' (para evitar que todos tenham que instalar os pacotes)

== Rodando na forma interativa == 

Depois de carregar o modulo do R voce poderá usar o programa de forma interativa simplesmente digitando 
  ccad:~> R

== Rodando como em "background" ("BATCH job") ==

Lembrando usualmente trabalhos de R em background são submetidos com o modo BATCH  e o comando usual e acompanhamento do andamento do //job// é feito com:<code>
ccad:~> R CMD BATCH seu_programa.R &
ccad:~> tail -f seu_programa.Rout
</code> 

  - No ''R'' sugere-se sempre colocar no seu programa comandos ''print()'' (por exemplo imprimir o número da simulação) que permitam que voce acompanhe o andamento com<code>
ccad:~> tail -f seu_programa.Rout
</code>
  - Numa máquina voce pode ver se o processo está rodando com um dos seguintes comandos do linux: <code>
ccad:~> ps -u SEU_LOGIN 
ccad:~> top
</code>

<note warning> Entretanto, para rodar no CCAD vamos adaptar este procedimento um pouco para seguir os padrões e aproveitar as vantagens do cluster. Ou seja, ao invés de fazer como descrito acima devemos submeter processos R da seguinte forma:</note>

Os passos básicos são (adaptar para suas configurações)
  - Definir o ambiente de trabalho, basicamente:
    * criar e entrar em um diretório para rodar o seu programa (substituir abaixo o nome deste diretório em ''SEU_DIRETORIO'')<code>
ccad:~> mkdir SEU_DIRETORIO
ccad:~> cd SEU_DIRETORIO
</code>
    * criar um arquivo de comandos em R (//script// R) com o que vai rodar tal como código de análise, simulação, etc. (substituir abaixo em ''seu_programa.R'')
  - Criar um arquivo (formato texto) para chamar o R com o seguinte conteúdo básico. Vamos chamar este arquivo de ''run.sh''.<code>
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash               
#PBS -V              
#PBS -m ae                    
#PBS -M paulojus@leg.ufpr.br     
#PBS -l walltime=6:00:00
cd $PBS_O_WORKDIR

R CMD BATCH seu_programa.R </code>
  - Submeter ao cluster <code>
ccad:~> qsub run.sh </code>
  - Monitorar o progresso com<code>
ccad:~> qstat </code>
  - E também monitorar da forma usual o arquivo de saída do R<code>
ccad:~> tail -f seu_programa.Rout
</code>

<note>Não esqueça de carregar o modulo do R  como descrito acima quando acessar a sua conta !!!</note>


O CCAD disponibiliza informações adicionais sobre [[http://www.ccad.ufpr.br/wiki/index.php/Submiss%C3%A3o|submissão e controle de processos em sua página]].\\
Se tiverem dicas de uso para o R coloquem aqui!!!

=== Tempo de processamento ===

Por //default// o CCAD interrompe os processos após uma (1) hora de processamento.
No exemplo de arquivo ''run.sh'' acima já modificamos
este tempo, para seis (6) horas, incluindo no seu arquivo:
   #PBS -l walltime=6:00:00
Ajuste este tempo de acordo com a sua necessidade.

=== Pacotes do R ===
Pacotes adicionais podem ser instalados em sua conta se desejado.
Entretanto para evitar replicação de instalações estamos centralizando a instalação de pacotes na conta de PJ.
O módulo do R (''mod_R'') faz este direcionamento. 
  > .libPaths("/home/paulojus/Rlibs")

Se precisar de algum pacote não instalado solicite por email para PJ.


==== Agradecimento ====
Agradecemos ao Prof. Manoel Cunha (CESEC)  e Christian (POP) pelo apoio, instruções e soluções para uso do CCAD.

==== Mais informações ====
Informações detalhadas na **[[http://www.ccad.ufpr.br|Página do CCAD]]**