====== Sessão Inicial -- Fundamentos da Linguagem R ======

Criando um diretório (pasta) de trabalho, e mudando o //workspace// do R para este diretório.
<code R>
getwd()
dir.create("c:\\cursoR")
setwd("c:\\cursoR")
getwd()
</code>

Vamos usar o conjunto de dados ''hills'' do pacotes ''MASS''
<code R>
require(MASS)
head(hills)
dim(hills)
colnames(hills)  # nomes das colunas
rownames(hills)
class(hills)
</code>

Duplicando e modificando o conjunto de dados em outro objeto
<code R>
mh <- edit(hills)
</code>

<code R>
str(hills)

x <- rnorm(10)
class(x)
str(x)
x[2]
x[2:5]
x[x>0]
x[x<0]

x <- round(rnorm(10, mean=70, sd=3), dig=2)
x
y <- sample(c("M", "F"), 10, rep=T)
y
#################################
mean(x[y == "M"])
mean(x[y == "F"])
sum(y == "M")
sum(y == "F")
sum(y == "M")/length(y)
sum(y == "F")/length(y)
mean(y == "M")
mean(y == "F")
mean(y != "M")

dh <- dim(hills)
dh
dh[1]
dh[2]
nrow(hills)
ncol(hills)

vars <- colnames(hills)
vars
str(vars)

names(mh)
names(mh)[2]
names(mh)[2] <- "altitude"
names(mh)

names(mh) <- paste("variavel", 1:3, sep="-")
head(mh)

## lei da reciclagem (recycling rule)
x
x + 10
x + c(10, 20)
x + c(10, 20, 30) ## ou .. x + 10*(1:3)

x
y
pessoas <- data.frame(peso=x, sexo=y)
pessoas
rm(x,y)

head(pessoas)
names(pessoas)
pessoas$peso
pessoas$sexo

dim(pessoas)  # dimensão do objeto
pessoas[1:6,]
pessoas[c(3, 5, 8),]
pessoas[pessoas$sexo=="M",]
pessoas[pessoas$sexo=="F",]

subset(pessoas, sexo=="M")
subset(pessoas, sexo=="M" | sexo == "F")
subset(pessoas, sexo=="M" & sexo == "F")

pessoas[,1]
pessoas$peso
pessoas[,"peso"]

with(pessoas, tapply(peso, sexo, mean))
with(pessoas, tapply(peso, sexo, sd))
with(pessoas, tapply(peso, sexo, function(x) 100*sd(x)/mean(x)))

## tapply() ~ by() ~ aggregate()

## lista
ml <- list(a=1:5, b=matrix(rpois(20, lambda=3), nc=4), c=pessoas)
ml

str(ml)
length(ml)


ml$b

is.list(ml)
is.list(ml$b)
is.matrix(ml$b)
is.data.frame(ml$b)

fc <- function(x){
  100* sd(x)/mean(x)
}

fc <- function(x){
  if(!is.numeric(x))
    stop("objeto não numérico")
  100* sd(x)/mean(x)
}
fc(pessoas$peso)
fc(pessoas$sexo)

fc1 <- function(x){
  if(is.numeric(x)) res <- 100* sd(x)/mean(x)
  else res <- table(x)
  return(res)
}

fc1(pessoas$peso)
fc1(pessoas$sexo)

fc2 <- function(x) {
  if(is.numeric(x)) {
    m <- mean(x)
    s <- sd(x)
    cv <- 100*s/m
    ai <- diff(range(x))
    res <- c(média=m, "desvio padrão"=s, CV=cv, amplitude=ai)
  }
  else{
    tb <- table(x)
    moda <- tb[which.max(tb)]
    res <- list(frequencias=tb, moda=moda)
  }
  return(res)
}

fc2(pessoas$peso)
fc2(pessoas$sexo)

lapply(pessoas, fc2)

df.res <- lapply(pessoas, fc2)
df.res
is.list(df.res)
str(df.res)

summary(pessoas)
sum.res <- summary(pessoas)
sum.res
class(sum.res)
str(sum.res)

## redirecionando saida para um arquivo texto
sink("saidas.txt")
summary(pessoas)
lapply(pessoas, fc2)
pessoas
sink() ## voltando para o dispositivo de saida padrão (tela)

summary(pessoas)


head(hills)

## 3 formas de fazxer o gráfico
plot(hills$dist, hills$time)
with(hills, plot(dist, time))
with(hills, plot(time~dist))

## cosmética
with(hills, plot(time~dist, pch="*", cex=2.5))
with(hills, plot(time~dist, pch=5))

## descobrindo os símbolos
plot(1:25, 1:25, pch=1:25)
## descobrindo as cores
plot(1:8, 1:8, col=1:8, pch=19, cex=2)
plot(1:20, 1:20, col=terrain.colors(20), pch=19, cex=2)
plot(1:10, 1:10, col=heat.colors(10), pch=19, cex=2)
plot(1:13, 1:13, col=gray(seq(0,1,len=13)), pch=19, cex=2)
par(bg="yellow")
plot(1:13, 1:13, col=gray(seq(1,0,len=13)), pch=19, cex=2)
colors()
par(bg="yellow4")
plot(1:13, 1:13, col=gray(seq(1,0,len=13)), pch=19, cex=2)
par(bg="white")

with(hills, plot(time~dist))

lm.h <- lm(time ~ dist, data=hills)
lm.h
names(lm.h)
is.list(lm.h)

lm.h$coeffi
coef(lm.h)
lm.h$res
resid(lm.h)
lm.h$fitted
fitted(lm.h)

plot(resid(lm.h) ~ fitted(lm.h))

anova(lm.h)
summary(lm.h)

plot(lm.h)

## comentários sobre classes, funções genéricas e metodos
methods(plot)

## dividindo a tela gráfica
par(mfrow=c(2,2))
plot(lm.h)
par(mfrow=c(1,1))


## alguns dispositivos gráficos
jpeg("diag.jpg")
par(mfrow=c(2,2))
plot(lm.h)
dev.off()

pdf("diag.pdf")
par(mfrow=c(2,2))
plot(lm.h)
dev.off()

postscript("diag.eps")
par(mfrow=c(2,2))
plot(lm.h)
dev.off()

with(hills, plot(time ~ dist))


lm.h <- lm(time~dist,data=hills)

## linhas num gráfico
abline(h=100)
abline(h=c(50,100,150), lty=2)
abline(v=10, lty=3, col=2)

with(hills, plot(time ~ dist, ylim=c(0, 250)))
abline(coef(lm.h))

with(hills,(segments(x0=dist, y0=fitted(lm.h),
                    x1=dist, y1=time, lty=2)))
title("Regressão entre tempo e distâncias")
text(2, 250, substitute(hat(beta)[1] == b1,
                        list(b1=round(coef(lm.h)[2], dig=2))),
     pos=4, cex=1.5)


lm0.h <- lm(time ~ dist-1, data=hills)
lm0.h

with(hills, plot(time ~ dist, ylim=c(0, 250), xlab="distância", ylab="tempo"))
abline(lm.h)
abline(lm0.h, lty=2, col=4)
legend("topleft", c("2 parâmetros","1 parâmetro"), lty=1:2, col=c(1,4))

## mecanismo de ajuda
help(plot)
## help no navegador
help.start(browser="firefox") ## veja no navegador acesso a documentação!!!!
help(plot)
## procura no seu computador
help.search("cluster")
# procura no site do R
RSiteSearch("cluster")
## procura um objeto
find("mean")
find("glm")
## pedaco de palavra (nome do objeto)
apropos("mean")

## de volta a regressão...

## predizendo (valores preditos) usado objetos de ajuste de modelos
with(hills, plot(time~dist, ylim=c(0,250)))
pred.df <- data.frame(dist=seq(0,30,length=100))
pred.h <- predict(lm.h, newdata=pred.df)
pred.h
lines(pred.df$dist, pred.h)

## agora acrescentando intervalo de confiança...
predc.h <- predict(lm.h, newdata=pred.df, int="c")
dim(predc.h)
head(predc.h)
matlines(pred.df$dist,predc.h, lty=2, col=1)
## ... e o intervalo de predição...
predp.h <- predict(lm.h, newdata=pred.df, int="p")
matlines(pred.df$dist,predp.h, lty=3, col=1)

legend("topleft", c("modelo ajustado", "intervalo de confiança", "intervalo de predição"), lty=1:3)


## retirando o ponto mais influente

args(lm)

lmo.h <- lm(time ~dist, data=hills, subset=(dist<25))
summary(lmo.h)
predo.h <- predict(lmo.h, newdata=pred.df)

with(hills, plot(time~dist, ylim=c(0,250)))
lines(pred.df$dist, pred.h)
lines(pred.df$dist, predo.h, col=2)
names(hills)
points(hills[hills$dist>25,c(1,3)], pch=19, col=2)
</code>

Mostrando os resultados dos modelos com e sem o ponto mais atípico em dois gráficos separados.
<code R>
par(mfrow=c(2,2))
with(hills, plot(time~dist, ylim=c(0,250)))
lines(pred.df$dist, pred.h)
matlines(pred.df$dist,predc.h, lty=2, col=1)
matlines(pred.df$dist,predp.h, lty=3, col=1)

with(hills, plot(time~dist, ylim=c(0,250)))
points(hills[hills$dist>25,c(1,3)], pch=19, col=2)
lines(pred.df$dist, predict(lmo.h, new=pred.df), col=2)
matlines(pred.df$dist,predict(lmo.h, new=pred.df, int="c"), lty=2, col=1)
matlines(pred.df$dist,predict(lmo.h, new=pred.df, int="p"), lty=3, col=1)

hist(resid(lm.h))
hist(resid(lmo.h))
</code>

Regressão múltipla, fórmulas, transformação e comparação e seleção de modelos.
<code R>
##
head(hills)

lm2.h <- lm(time ~ dist + climb, data=hills)
anova(lm2.h)
summary(lm2.h)
par(mfrow=c(2,2))
plot(lm2.h)

shapiro.test(resid(lm2.h))

par(mfrow=c(1,1))
boxcox(time ~dist+climb, data=hills)


lm2r.h <- lm(sqrt(time) ~ dist + climb, data=hills)
coef(lm2r.h)
## ou... aproveitando o modelo previamente definido...
lm2r.h <- update(lm2.h, sqrt(time) ~ ., data=hills)
coef(lm2r.h)

summary(lm2r.h)

## modelo retirando variavel climb
lm3r.h <- update(lm2r.h, . ~ . - climb)
coef(lm3r.h)

anova(lm3r.h, lm2r.h)

stepAIC(lm(time ~ dist*climb, data=hills))
</code>


===== Materiais apresentados e discutidos no curso: =====

  * [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapase9.html#x10-520009|Entrada de dados e estatística descritiva]]
  * [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapase24.html#x25-13900024|Link de material sobre fórmulas e declaração de modelos]]
  * [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapase25.html#x26-14700025|Análise de esperimentos inteiramente casualisados, contrastes etc]]
  * [[http://leg.ufpr.br/~paulojus/embrapa/Rembrapa/Rembrapase26.html#x27-15300026|Experimentos fatoriais]]